Különbség a BLAST és a FastA között

Az kulcs különbség ez a BLAST és a FastA között a BLAST egy alapvető igazító eszköz, amely a Nemzeti Biotechnológiai Információs Központon érhető el, míg a FastA az Európai Bioinformatikai Intézet honlapján elérhető hasonlósági kereső eszköz..

A BLAST és a FastA két olyan szoftver, amelyet széles körben használnak a különféle fajok DNS, aminosavak, fehérjék és nukleotidok biológiai szekvenciáinak összehasonlítására és hasonlóságaik felkutatására. Ezeket az algoritmusokat a sebesség szem előtt tartásával írták meg. Mivel amikor a tudósok a 1980-as évek közepén tudták elkülöníteni a DNS-t a laboratóriumban, felmerült az a szükségesség, hogy összehasonlítsák és azonos géneket keressenek nagy sebességű további kutatásokhoz. Ezért ezt a két szoftvert úgy fejlesztették ki, hogy a felhasználó gyorsan kereshessen hasonló szekvenciákat a lekérdezés szekvenciáival.

A BLAST rövidítés a Alapvető helyi igazítási kereső eszköz és lokalizált megközelítést alkalmaz a két szekvencia összehasonlításához. A FastA egy olyan szoftver, amely hivatkozik a Fast A-ra, ahol A jelentése az összes. Itt a szoftver olyan ábécékkel működik, mint a Fast A a DNS szekvenáláshoz és a Fast P a fehérjéhez. A BLAST és a FastA egyaránt nagyon gyorsan összehasonlít bármilyen genom adatbázist, ezért pénzügyileg és időmegtakarításként is nagyon életképes..

TARTALOMJEGYZÉK

1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a BLAST?
3. Mi a FastA?
4. hasonlóságok a BLAST és a FastA között
5. Összehasonlítás - BLAST vs FastA táblázatos formában
6. Összegzés

Mi a BLAST??

A BLAST az egyik legszélesebb körben alkalmazott bioinformatikai szoftver, amelyet 1990-ben fejlesztettek ki. Azóta mindenki számára elérhető az NCBI webhelyén. Ezenkívül bárki hozzáférhet ehhez a szoftverhez és használható. Ezenkívül a BLAST olyan szoftver, amelyhez bemeneti adatokra vagy szekvenciákra van szükség FastA formátumban. De kimeneti adatokat ad szöveges, HTML vagy XML formátumban. A BLAST azon alapul, hogy lokalizált hasonlóságokat keres két szekvencia között, és felsorolja a hasonló szekvenciákat, majd utána szomszédsági hasonlóságokat keres..

01. ábra: BLAST eredmények

Ez a szoftver tehát nagyszámú hasonló helyi régiót keres és eredményt ad a küszöbérték elérésében. Ez a folyamat azonban különbözik a korábbi szoftverektől, amely először a teljes szekvenciát keresi, majd elvégzi az összehasonlítást, és ezért sok időt vett igénybe.

A fenti hasonlósági ellenőrzésen kívül a BLAST-nak számos más felhasználása is van, például a DNS-feltérképezés, két azonos gén összehasonlítása különböző fajokban, filogenetikai fa létrehozása stb..

Mi a FastA??

A FastA egy proteinszekvencia-igazító szoftver. David J. Lipman és William R. Pearson ezt a szoftvert 1985-ben írta le. Bár a szoftver kezdeti használata csak a proteinszekvenciák összehasonlítása volt, annak módosított változata szintén képes volt összehasonlítani a DNS-szekvenciákat. Ez a szoftver itt alkalmazza azt az elvet, hogy statisztikailag megtalálja a két szekvencia közötti hasonlóságot. Helyi szekvencia-igazítási módszerrel illeszti a DNS vagy fehérje egyik szekvenciáját egy másik szekvenciával.

02 ábra: FastA

Ugyanakkor a régiók között hasonlóságot keres, de nem a legmegfelelőbb a két szekvencia között. Mivel ez a szoftver időnként összehasonlítja a lokalizált hasonlóságokat, eltéréseket is felvethet. Egy sorozatban a FastA kis részt vesz, k-tuples néven, ahol a tuplok 1-6 lehetnek, és megegyeznek a másik szekvencia k-tuplaival. Az illesztési folyamat végén, amikor eléri a küszöbértéket, meghozza az eredményt.

Milyen hasonlóságok vannak a BLAST és a FastA között??

• A BLAST és a FastA bioinformatikai eszközök, amelyek segítségével összehasonlíthatjuk a fehérje- és DNS-szekvenciákat a hasonlóságok szempontjából.
• Ezenkívül mindkét program pontozási stratégiát alkalmaz a szekvenciák összehasonlítására.
• Ezenkívül mindkét eszköz nagyon pontos eredményeket hoz.

Mi a különbség a BLAST és a FastA között??

A BLAST eszköz a biológiai szekvenciák hasonlóságának ellenőrzésére. Másrészt, a FastA egy másik program, amely megkönnyíti a fehérje- és DNS-szekvenciák hasonlóságának ellenőrzését. A FastA-hoz képest azonban a BLAST szoftver nagyon népszerű, mivel pontosabb és gyorsabb eredményeket hoz. Ezért ez a különbség a BLAST és a FastA között. Továbbá, a FastA-val ellentétben, a BLAST program a felhasználó igényei szerint módosítható. Ezért ez egy újabb különbség a BLAST és a FastA között.

Az alábbi infographic a BLAST és a FastA közötti különbségről részletesebb információkat tartalmaz.

Összegzés - BLAST vs FastA

A BLAST és a FastA két olyan program, amely lehetővé teszi a felhasználó számára, hogy összehasonlítsa lekérdezési sorrendjét a meglévő adatbázisokban szereplő szekvenciákkal, és ellenőrizze a hasonlóságokat. A FastA kezdeti célja csak a proteinszekvenciák összehasonlítása volt. A szoftver módosított változata azonban megkönnyíti a fehérje és a DNS szekvencia összehasonlítását. Bár a FastA jó szoftver, a legtöbb ember a BLAST igazító eszközt használja, mivel ez népszerűbb, pontosabb és gyorsabb eredményeket hoz, mint a FastA. A BLAST eszköz a felhasználói igényeknek megfelelően módosítható. Röviden, ez összefoglalja a BLAST és a FastA közötti különbséget.

Referencia:

1.Madden, Thomas. “A BLAST szekvenciaelemző eszköz.” Jelenlegi neurológiai és idegtudományi jelentések., Amerikai Egyesült Államok Nemzeti Orvostudományi Könyvtára, 2013. március 15. elérhető itt. 

Kép jóvoltából:

1. „CCDC132 robbanás eredmények” az NCBI Blast által - NCBI Blast, (Public Domain) a Commons Wikimedia segítségével  
2. „FAM149A támogató régió (FASTA formátum)” LarsonGCD-től - Saját munka, (CC BY-SA 3.0) a Commons Wikimedia segítségével