Különbség a metagenómia és a metatranszkriptika között

Az kulcs különbség A metagenomika és a metatranszkriptika között az egyes területeken vizsgált biomolekulák típusa függ. A metagenomika a DNS-t, annak szekvenciáit és az organizmusokban való viselkedését, míg a metatranszkriptika az átírt DNS-t, elsősorban az mRNS-szekvenciákat és a szervezetekben való viselkedését vizsgálja..

A metagenomika és a metatranszkriptika két olyan terület, amelyek az évek során nagy népszerűségnek örvendtek a mikrobiális közösséggel szemben. Fontosak az egészségügyben, az iparban és a mezőgazdasági biotechnológiában. Mind a metagenomika, mind a metatranszkriptika lehetővé teszi az egyes szervezetek egy közösségben történő tanulmányozását és azok funkcionális szerepeinek tanulmányozását, amelyek jótékonyak vagy ártalmasak.

TARTALOMJEGYZÉK

1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a metagenomika? 
3. Mi a metatranszkriptika?
4. A metagenomika és a metatranszkriptika hasonlóságai
5. Side by side összehasonlítás - Metagenomika vs Metatranscriptomics táblázatos formában
6. Összegzés

Mi a metagenomika??

A metagenómia a deoxiribonukleinsavat (DNS) vizsgáló terület. Ez a legfontosabb a mikrobiális közösség számára. Ezenkívül a genomikához képest fejlettebb terület is. A genomikában egy adott organizmus DNS-ének elemzése történik. A metagenomika azonban magában foglalja a genetikai anyag elemzését az organizmusok egy közösségében. Így ez lehetővé teszi egy organizmus közösség viselkedésének tanulmányozását, amely az egyik állapotra vagy egy környezetre vonatkozik.

01. ábra: Metagenomika

A metagenomikai tanulmányok fő technikája a Next Generation Sequencing (NGS), amely a mikrotömb technológiát használja. Az NGS módszerek több szervezetet képesek egy reakcióban elemezni specifikus DNS-szekvenciák jelenléte vagy hiánya szempontjából. Ezek a DNS-szekvenciák felelősek lehetnek egyetlen betegség vagy környezeti állapotért. Ezért a metagenomikus ismeretek felhasználásával az organizmusok szűrése könnyen és pontosan elvégezhető. Az NGS alatt végzett szekvenálás rövid olvasatban zajlik, és a szervezetek DNS profilozása történik. A 16-as DNS-szekvencia egy népszerű szekvencia, amelyet a mikroorganizmusokat érintő metagenomikában vizsgáltak.

Az organizmusok közösségének szekvenálása után a szekvenciákat össze kell hangolni. Az igazítás feladatának végrehajtásához olyan eszközöket használnak, mint az Alapvető helyi igazítási szekvencia eszköz (BLAST). Az összehangolást követően egy filogenetikai fa megmutatja az egyes szervezetek kapcsolatát a közösségben és részleteket viselkedésével kapcsolatban.

Mi az a metatranszkriptika??

A metatranszkriptika az a kutatási terület, amely egy szervezet transzkriptomájával foglalkozik. A transzkriptom a teljes RNS-szekvenciákat alkotja a DNS-transzkripció során. A transzkriptómában található mRNS-szekvenciák információkat szolgáltatnak a genetikai expresszióról. A metatranszkriptika több transzkriptóma elemzése populációk vagy közösségek között.

02 ábra: Átírási elemzés

A metatranszkriptikai tanulmányok mikroarray technológiákat is használnak a rövid olvasási sorozatok szekvenciáinak megtalálására. Ezenkívül a metatranszkriptika magában foglal egy alapos bioinformatikai elemzést is, igazító eszközök és fatervezési módszerek felhasználásával. A metatranszkriptika területe azonban sokkal nehezebb, mint a metagenomika. Az mRNS vagy az RNS egészének extrahálása nem olyan egyszerű, mint amilyennek látszik. Mivel az RNS rendkívül hajlamos a pusztulásra és nagyon rövid életideje van, ezek fenntartása és tárolása lehetséges kérdés lehet.

Milyen hasonlóságok vannak a metagenomika és a metatranszkriptika között??

• A metagenomika és a metatranszkriptika nagy teljesítményű technikák az organizmusok, elsősorban a mikrobiális közösségek elemzésére.
• Mindkét módszer microarray technológiát alkalmaz a megállapítások levezetésére.
• A kapott eredményeket gyakran elemzik a BLAST igazítás és a filogenetikai fák felhasználásával.
• Sőt, mindkét módszer nem egyetlen organizmusra összpontosít, hanem egy csoportra vagy közösségi organizmusra.
• Emellett mindkét fogalmat elsősorban a mikrobákkal kapcsolatban tanulmányozzuk - ennek fő oka a különféle szerepük.

Mi a különbség a metagenomika és a metatranszkriptika között??

A metagenomika és a metatranszkriptika magában foglalja a genetikai anyag elemzését egy organizmusközösségben. Tehát a metagenomika a DNS mintáira és szekvenciáira vonatkozik, míg a metatranszkriptika az mRNS vagy az átírt DNS elemzésére vonatkozik. Tehát ez a legfontosabb különbség a metagenomika és a metatranszkriptika között.

Sőt, az extrahálási eljárás mindkét módszernél különbözik; A metagenomika magában foglalja a DNS extrakciós eljárásokat, a metatranszkópia pedig az RNS extrakciós eljárásokat. Ezért ez szignifikáns különbség a metagenomika és a metatranszkriptika között.

Az alábbi infographic összefoglalja a metagenomika és a metatranszkriptika közötti különbséget:

Összegzés - Metagenomika vs Metatranszkriptika

A metagenomika és a metatranszkriptika új kutatási területek, amelyek egy organizmus közösségét elemzik egy adott állapotra. A metagenomika tehát a DNS-szekvenciák elemzésére utal. Ezzel szemben a metatranszkriptika az RNS-szekvenciák vagy az átírt DNS-termékek elemzésére vonatkozik. Ebben a tekintetben a metatranszkriptika lehetővé teszi a gén expressziójának azonosítását egy adott esetben. Mindkettő fontos a mutációk és azok hatásának elemzésében. Ezek az előre diagnosztizáláshoz használt gyors és megbízhatóbb technikák. Ez tehát a metagenomika és a metatranszkriptika közötti különbség összefoglalása.

Referencia:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa és munkatársai. „Metagenomika, metatranszkriptika és metabolikus megközelítések a mikrobiomelemzéshez.” Evolutionary Bioinformatics Online, LibertasAcademica, 2016. május 12., elérhető itt.

Kép jóvoltából:

1. „pcbi.1002808.g001” Phylogeny Figures (CC BY 2.0) által a Flickr-en keresztül
2. „Transcriptome 3. ábra”, készítette Danny556 (beszéd) - saját készítésű (C BY-SA 3.0) a Flickr-en keresztül