Különbség az északi déli és a nyugati blotolás között

Fő különbség - északi vs déli vs nyugati blotolás
 

A DNS, az RNS és a fehérjék specifikus szekvenciáinak kimutatása elengedhetetlen a molekuláris biológia különféle típusú tanulmányaihoz. A gél elektroforézis olyan módszer, amely elválasztja a DNS-t, az RNS-t és a fehérjéket méretük szerint. A gélprofilok közül az adott DNS-szekvenciát, RNS-szekvenciát vagy fehérjét detektálhatjuk speciális technikákkal, az úgynevezett blotteléssel és jelölt próbákkal történő hibridizációval. Három különféle típusú blotolási módszer létezik, nevezetesen a déli, az északi és a nyugati. Az északi déli és a nyugati blotolás közötti fő különbség a molekula típusában rejlik, amelyet a mintából kimutat. A Southern-blotolás egy olyan módszer, amely egy DNS-mintából egy specifikus DNS-szekvenciát detektál. A Northern-blotolás olyan technika, amely egy RNS-mintából egy specifikus RNS-szekvenciát detektál. A Western-blotolás egy olyan módszer, amely egy fehérjemintából kimutat egy specifikus fehérjét.

TARTALOMJEGYZÉK
1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a Southern blotting?
3. Mi az északi blot?
4. Mi a Western blotting?
5. Összehasonlítás egymással - északi vs déli vs nyugati blotolás
6. Összegzés

Mi a Southern blotting??

A Southern blotting technikát Southern E. M. fejlesztette ki 1975-ben egy specifikus DNS-szekvencia azonosításához egy DNS-mintából. Ez a molekuláris biológiában bevezetett első blot-eljárás. Ez lehetővé tette a DNS-ből származó specifikus gének, a DNS-ből származó specifikus fragmensek, stb. Kimutatását. A déli blot-technika számos lépést tartalmaz. Ezek a következők.

1. A mintából DNS-t izolálunk és restrikciós endonukleázokkal emésztjük.
2. Az emésztett mintát agaróz gélelektroforézissel elválasztjuk.
3. A gélben lévő DNS-fragmenseket lúgos oldat alkalmazásával denaturálják egyszálúvá.
4. Az egyszálú DNS-t kapilláris átvitel útján a nitrocellulóz szűrő membránjára helyezzük.
5. Az átadott DNS-t állandóan a membránra rögzítjük.
6. A membránon rögzített DNS-t jelölt próbákkal hibridizáljuk.
7. A nem kötött DNS-t mosással távolítják el a membránról.
8. A röntgenfilmet kitettük a membránnak, és autoradiográfiát készítünk.

A Southern-blotot a molekuláris biológia különböző szempontjaira alkalmazzák. Hasznos az RFLP feltérképezésben, a kriminalisztikai vizsgálatokban, a DNS metilezésében génexpresszióban, a mutált gének kimutatásában genetikai rendellenességekben, a DNS ujjlenyomata stb..

01. ábra: Southern-blotting technika

Mi az a Northern-blotting??

A Northern-blotolás egy módszer, amelynek célja egy specifikus RNS-szekvencia vagy mRNS-szekvencia kimutatása a mintából a génexpresszió tanulmányozása céljából. Ezt a technikát Alwine, Kemp és Stark fejlesztették ki 1979-ben. Ez több lépésben különbözik az újabb és a Western blot eljárástól. Ezt a technikát azonban gélelektroforézissel, blottel és hibridizációval, specifikus, jelölt próbákkal és detektálással is végrehajtják. A Northern-blot technikát az alábbiak szerint végezzük.

1. Az RNS-t extraháljuk a mintából, és gélelektroforézissel elválasztjuk.
2. Az RNS-t a gélről átvisszük egy blotmembránra és rögzítjük.
3. A membránt cDNS-ből vagy RNS-ből készített jelölt próbával kezeljük (a próba komplementer a mintában levő specifikus szekvenciához).
4. A próbát a membránnal inkubáljuk, hogy egy specifikus szekvenciához kapcsolódjon.
5. A nem kötött szondákat lemossuk.
6. A hibridizált fragmenseket egy autoradiográfiával detektáljuk.

Az északi blot fontos eszköz a hibridizált mRNS kimutatásában és mennyiségének meghatározásában, az RNS lebomlásának vizsgálatában, az RNS felezési idejének értékelésében, az RNS splicing észlelésében, a gén expressziójának tanulmányozásában stb..

02 ábra: Északi blot

Mi a Western blotting??

A Western blot módszer egy specifikus protein kimutatására egy fehérjekeverékből jelölt antitest alkalmazásával. Ezért a Western blot an-nak is ismert immun. Ezt a technikát Towbin vezette be et al 1979-ben, és a laboratóriumokban rutinszerűen végzik a fehérjeelemzést. A lépések a következők.

1. A fehérjéket extraháljuk a mintából
2. A fehérjéket méretük szerint választják el poliakril-amid gél elektroforézissel
3. Az elkülönített molekulákat elektroporációval továbbítják egy PVDF membránba vagy nitrocellulóz membránba
4. A membránt az ellenanyagokkal való nem-specifikus kötődés blokkolja
5. Az átvitt fehérjék primer antitesttel (enzimmel jelölt antitestek) vannak kötve.
6. A membránt mossuk, hogy eltávolítsuk a nem specifikusan kötött primer antitesteket
7. A megkötött antitesteket szubsztrát hozzáadásával és a képződött színes csapadék detektálásával detektálhatjuk

A Western blot felhasználható anti-HIV ellenanyagok kimutatására egy humán szérum mintában. A Western blot felhasználható megerősítő tesztként a hepatitis B fertőzéshez és végleges tesztként az őrült tehén betegségéhez.

03. ábra: Western blot

Mi a különbség az északi déli és a nyugati blotolás között?

Északi vs déli vs nyugati blotolás
A kimutatott molekula típusa
Northern blotting	A Northern-blot egy specifikus RNS-szekvenciát detektál egy RNS-mintából.
Southern blotting	A Southern-blot egy DNS-mintából egy specifikus DNS-szekvenciát detektál.
Western blotting	A Western blot egy adott fehérjét egy fehérjemintából detektál.
Gél típusa
Northern blotting	Agaróz / formaldehid gélt használunk.
Southern blotting	Ehhez Agarose gélt használunk.
Western blotting	Poliakrilamid gélt használ.
Blotting módszer
Northern blotting	Ez egy kapilláris transzfer.
Southern blotting	Ez egy kapilláris transzfer.
Western blotting	Ez egy elektromos transzfer.
Használt szondák
Northern blotting	radioaktív vagy nem radioaktív módon jelölt cDNS vagy RNS próbák.
Southern blotting	A DNS-próbákat radioaktív vagy nem radioaktív módon jelöljük.
Western blotting	Primer antitesteket alkalmaznak próbákként.
Érzékelő rendszer
Northern blotting	Ezt egy autoradiográfiával vagy a fény vagy a színváltozás észlelésével hajtják végre.
Southern blotting	Ezt egy autoradiográfiával, a fény vagy a színváltozás észlelésével hajtják végre.
Western blotting	Ez a fény vagy a színváltozás érzékelésével történik.

Összegzés - északi vs déli vs nyugati blotolás

A blotolás egy speciális technika, amelyet a mintákból származó specifikus DNS, RNS vagy fehérje azonosítására fejlesztettek ki. Három különálló blotolási eljárás létezik, nevezetesen északi, déli és nyugati egy adott molekula típus kimutatására. A Northern-blot technikát egy specifikus RNS-szekvencia detektálására fejlesztették ki az RNS keverékéből. A Southern blotting technika lehetővé teszi egy specifikus DNS-szekvencia kimutatását egy DNS mintából, és Western blot technikát fejlesztettek ki egy adott fehérje azonosítására egy fehérjekeverékből.

Irodalom
1. Gibbons, Janay. “Western blot: A fehérjeátadás áttekintése.” North American Journal of Medical Sciences. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. március. Web. 2017. március 27
2. Brown, T. “Déli foltok.” Jelenlegi immunológiai protokollok. Amerikai Egyesült Államok Nemzeti Orvostudományi Könyvtára, 2001. május. Web. 2017. március 27
3. Ő, Shan L. „Northern blot”. Módszerek az enzimológiában. Amerikai Egyesült Államok Nemzeti Orvostudományi Könyvtára, 2013. Web. 2017. március 27

Kép jóvoltából:
1. „Northern Blot Scheme”: RNA405 - Saját munka (Public Domain) a Commons Wikimedia-on keresztül
2. „Western blot 114A” Amanthabagdon - Saját munka (Public Domain) a Commons Wikimedia segítségével