Különbség a RAPD és az RFLP között

Fő különbség - RAPD vs. RFLP
 

A genetikai markereket a molekuláris biológiában használják az egyének és a fajok közötti genetikai variációk azonosítására. Véletlenszerűen megvilágított polimorf DNS (RAPD) és Restrikciós fragmentumhossz polimorfizmus (RFLP) két fontos molekuláris marker, amelyeket rendszeresen használnak a laboratóriumokban. Az RAPD-t rövid és önkényes oligonukleotid primerekkel hajtják végre, és az a szervezet templát-DNS-ében a különböző helyek véletlenszerű amplifikációján alapul. Az RFLP-t egy specifikus restrikciós endonukleázzal végezzük, és a kapott restrikciós fragmentumok polimorfizmusán és a hibridizáción alapszik. A legfontosabb különbség a RAPL és az RFLP között az A RAPD egyfajta PCR technika, amelyet előzetes szekvencia-ismeret nélkül hajtanak végre mivel Az RFLP nem vesz részt a PCR-ben, és a technika végrehajtásához előzetes szekvencia-ismeretet igényel.

TARTALOMJEGYZÉK
1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a RAPD?
3. Mi az RFLP?
4. Side by Side összehasonlítás - RAPD vs RFLP
5. Összegzés

Mi az a RAPD??

A RAPD hasznos molekuláris marker a molekuláris biológiában. Ez egy gyors és egyszerű technika. A RAPD meghatározható olyan módszerként, amely polimorf DNS-szekvenciákat eredményez a cél-DNS-templát több helyének véletlenszerű amplifikációja eredményeként. A RAPD rövid PCR-amplifikációhoz tetszőleges szekvenciájú oligonukleotid primereket használ. A primereket előzetes szekvencia ismerete nélkül mesterségesen szintetizáljuk. Ezért könnyű és hasznos technikanak tekintik.

A RAPD a következő fő lépésekkel jár.

1. A cél-DNS extrahálása
2. A cél-DNS több helyének amplifikálása véletlenszerűen kiválasztott primerekkel
3. Az amplifikált PCR termékek gél elektroforézise
4. Etidium-bromidos festés és a polimorfizmus azonosítása

A primer lágyításának változása eredményeként az amplifikáció során különböző hosszúságú fragmenseket generálunk. Ezért a gélek csíkozási mintái különböznek az egyének és a fajok között. Így a RAPD lehetővé teszi az organizmusok közötti genetikai variáció kimutatását az azonosítás és a differenciálás során.

A RAPD-t a molekuláris biológia különféle tanulmányaiban alkalmazzák, például a szorosan rokon fajok genetikai különbségének azonosításában, génleképezésben, DNS-ujjlenyomatok készítésében, az öröklött betegségek azonosításában stb..

01. ábra: RAPD

Mi az RFLP??

Restrikciós fragmentumhosszú polimorfizmusok (RFLP) egy olyan molekuláris marker, amelyet a molekuláris biológiában használnak a homológ DNS-szekvenciák genetikai variációjának azonosítására. Ez az első genetikai marker, amelyet a DNS ujjlenyomat készítésére fejlesztettek ki. Minden organizmus egyedi DNS-profilt hoz létre, ha azt specifikus restrikciós enzimek korlátozzák. Az RFLP fontos eszköz az egyének egyedi DNS-profiljainak előállításában és köztük a genetikai variációk kimutatásában. Amikor a DNS-mintákat specifikus restrikciós endonukleázokkal emésztjük, akkor különböző DNS-profilokat kapunk, amelyek az egyes egyénekre jellemzőek. Ezért ennek a módszernek a fő célja az organizmusok közötti genetikai variáció kimutatása a homológ DNS szűkítésével specifikus restrikciós enzimekkel, és a fragmentumhosszúság polimorfizmusának elemzése gélelektroforézissel és blottel. A blotminták minden organizmusra egyediek és jellemzik a specifikus genotípusokat.

A következő lépések részt vesznek az RFLP-n.

1. Elegendő mennyiségű DNS izolálása a mintákból
2. A DNS-minták fragmentálása specifikus restrikciós endonukleázokkal rövid szekvenciákba
3. A kapott fragmenseket elválasztjuk különféle hosszúságúak agaróz gélelektroforézissel.
4. A gélprofil átvitele a membránba Southern blot módszerrel
5. A membrán hibridizációja jelölt próbákkal és a fragmentumhosszúság polimorfizmusának elemzése minden profilban

Az RFLP különféle alkalmazásokkal rendelkezik, például öröklődéses betegségek diagnosztizálása, genom feltérképezése, bűncselekmények azonosítása kriminalisztikai vizsgálatokban, apasági tesztek stb..

02 ábra: RFLP genotipizálás

Mi a különbség az RAPD és az RFLP között??

RAPD vs RFLP
A RAPD egy véletlenszerű primereken és PCR-en alapuló molekuláris marker.	Az RFLP egy molekuláris marker, amely különböző hosszúságú restrikciós fragmensek előállításán alapul.
Szükséges minta
Kicsi DNS-minták elegendőek a RAPD elemzéshez.	Az RFLP elemzéshez nagy mennyiségű extrahált DNS-mintára van szükség.
Idő
A RAPD gyors folyamat.	Az RFLP időigényes folyamat.
Alapozó használata
Véletlen primereket használunk, és ugyanazokat a primereket lehet felhasználni a különböző fajokra.	Faj-specifikus próbákat használnak az RFLP-ben a hibridizációhoz.
Megbízhatóság
A technika megbízhatósága kevesebb az RFLP-hez képest.	Az RFLP megbízható technika.
blotting
A RAPD magában foglalja a déli blotolást.	A déli blot az RFLP egy lépése.
Allerikus variáció kimutatása
Az allellikus variációkat a RAPD nem képes felismerni.	Az allél variációk az RFLP-vel kimutathatók.
Szekvencia-ismeretek szükségessége
A RAPD nem igényel előzetes szekvencia-ismereteket.	A szonda tervezéséhez előzetes szekvencia-ismeretekre van szükség.
PCR
A PCR részt vesz a RAPD-ben	A PCR nem vesz részt az RFLP-ben.
A reprodukálhatóság
A RAPD alacsony reprodukálhatóságú	Az RFLP magas reprodukálhatóságot nyújt a RAPD-hez képest.

Összegzés - RAPD vs RFLP

A RAPD és az RFLP fontos markerek a molekuláris biológiában. Mindkét módszer képes kimutatni az organizmusok genetikai variációját. Az RAPD-t véletlenszerű primerekkel hajtjuk végre. Az RFLP-t specifikus restrikciós enzimekkel hajtják végre. Mindkét módszer az egyes szervezetekre jellemző DNS-profilokat készít. Az RAPD viszonylag kevés lépésben vesz részt, mint az RFLP. De kevésbé megbízható és reprodukálható eredményeket hoz, mint az RFLP. Ez a fő különbség az RAPD és az RFLP között.

Irodalom:
1. Dos, J. B., Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang és M. K. Slocum. "A RAPD és az RFLP genetikai markerek összehasonlítása a Brassica oleracea L. genotípusok genetikai hasonlóságának meghatározásakor." CÍMKE. Elméleti és alkalmazott genetika. Theoretische und angewandte Genetik. Amerikai Egyesült Államok Nemzeti Orvostudományi Könyvtára, 1994. március. Web. 2017. április 12
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey és Antoni Rafalski. „Az RFLP, RAPD, AFLP összehasonlítása

Kép jóvoltából:
1. „RFLP genotipizálás” (ismeretlen) - Nemzeti Egészségügyi Intézetek (Public Domain) a Commons Wikimedia segítségével