Különbség a hasonlóság és az identitás között a szekvencia igazításban

Az kulcs különbség a hasonlóság és az identitás között a szekvencia igazításban az a hasonlóság a két szekvencia hasonlósága (hasonlóság) összehasonlítva, míg az identitás a karakterek száma, amelyek pontosan megegyeznek a két szekvencia között.

A bioinformáció a tudomány interdiszciplináris területe, amely elsősorban a molekuláris biológiát és a genetikát, a számítástechnikát, a matematikát és a statisztikát foglalja magában. A szekvencia-összehangolás a bioinformatika egyik fő kifejezése. Ez az eljárás, amelynek során a DNS, RNS vagy fehérje szekvenciáit úgy rendezzük el, hogy azonosítsák a hasonlósági régiókat, amelyek a szekvenciák közötti funkcionális, szerkezeti vagy evolúciós kapcsolat következményei. Az igazítás végén sorként jelennek meg a mátrixon belül. Annak érdekében, hogy az azonos karaktereket egymás utáni színvonalakban egymáshoz igazítsuk, a maradékok között be vannak helyezve rések.

TARTALOMJEGYZÉK

1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a hasonlóság a szekvencia igazításban?
3. Mi az identitás a szekvencia igazításban?
4. hasonlóságok a hasonlóság és az identitás között a szekvencia igazításban
5. Side by side összehasonlítás - hasonlóság vs identitás a szekvencia igazításban táblázatos formában
6. Összegzés

Mi a hasonlóság??

A szekvencia-igazítás hasonlósága a két szekvencia hasonlósága összehasonlítva. Ez a tény a szekvenciák azonosságától függ. A hasonlóság azt mutatja, hogy a maradékanyagok milyen mértékben igazodnak egymáshoz. Ezért a hasonló szekvenciák hasonló tulajdonságokkal rendelkeznek. Bioinformatikában a hasonlóság eszköz a két fehérje közötti hasonlóság felmérésére.

01. ábra: A szekvencia-igazítás hasonlósága

Két fő lépés van a szekvencia-igazítási folyamatban. Az első lépés a páronkénti igazítás, amely elősegíti az optimális igazítást két szekvencia (beleértve a hiányosságokat) között az olyan algoritmusok segítségével, mint a BLAST, a FastA és a LALIGN. A megfelelő algoritmus megtalálja a szerkesztési műveletek minimális számát; in-dels és szubsztitúciók az egyik szekvencia hozzáigazításához a másikhoz. A páros összehangolást követően minden kvantitatív összehasonlításhoz két kvantitatív paramétert kell beszerezni. Ezek identitás és hasonlóság.

Mi az identitás??

A szekvencia-igazításban szereplő azonosság a karakterek száma, amelyek pontosan megegyeznek két különböző sorozat között. Ezért a hiányosságokat nem veszik figyelembe az identitás értékelésekor. A mérést relatívnak tekintjük a két szekvencia közötti rövidebb szekvenciához. Jelentősen azt jelenti, hogy olyan hatással van, ahol a szekvencia azonosság nem tranzitív. Ha X = Y és Y = Z, akkor X nem feltétlenül egyenlő Z-vel. Ezt az azonosítási távolság mértéke alapján lehet levezetni.

02 ábra: Azonosítás a szekvencia igazításban

Például X XAAGGCTT szekvenciája, Y AAGGC szekvenciája és Z AAGGCAT szekvenciája. Az X és Y közötti identitás 100% 5 azonos nukleotid / perc [hossz (X), hossz (Y)]. Az Y és Z közötti identitás szintén 100%. De az X és Z azonosság csak 85% (6 azonos nukleotid / 7).

Milyen hasonlóságok vannak a hasonlóság és az identitás között a szekvencia igazításban??

• Mind a hasonlóság, mind az identitás két olyan kifejezés, amelyet a szekvencia igazításban használunk.
• Ugyancsak utalnak a két szekvencia hasonlóságára.
• Ezenkívül százalékos értékként fejezzük ki őket.

Mi a különbség a hasonlóság és az identitás között a szekvencia igazításban??

Az igazítás hasonlósága megmutatja a két szekvencia hasonlóságát összehasonlítva, míg a szekvencia igazításban az identitás megmutatja a karakterek számát, amelyek pontosan megegyeznek a két szekvencia között. Ezért ez a legfontosabb különbség a hasonlóság és az identitás között a szekvencia igazításban.

Összegzés - hasonlóság vs identitás a szekvencia igazításban

A szekvencia-összehangolás segít azonosítani a DNS, RNS vagy fehérje hasonlósági régióit, amelyek a szekvenciák közötti funkcionális, szerkezeti vagy evolúciós kapcsolat miatt keletkeztek. Ezért a hasonlóság és az identitás két kulcsfontosságú kifejezés a szekvencia-összehangolás összefüggésében. A két kifejezés közötti fő különbség az, hogy a hasonlóság a két szekvencia hasonlósága összehasonlításban, míg az azonosság a karakterek száma, amelyek pontosan megegyeznek a két különféle szekvencia között. Tehát ez a hasonlóság és az identitás közötti különbség összefoglalása a szekvencia igazításban.

Referencia:

1. „Identitás és hasonlóság - mennyiségi mérőszám”. Identitás és hasonlóság - mennyiségi mutató, elérhető itt.
2. „Szekvencia igazítás”. Szekvencia igazítás - Bioinformatics.Org Wiki, elérhető itt.

Kép jóvoltából:

1. „Összehangolás alapú és igazítás nélküli filogén” Kolekar Pandurang - Saját munka (CC BY 3.0) a Commons Wikimedia segítségével
2. „BLAST minta kimenet” Fdardel által - Saját munka (CC BY-SA 3.0) a Commons Wikimedia segítségével