A múltban, archaea osztályozták a következőket: baktériumok és hívták őket archaebaktériumokból. Azt azonban felfedezték, hogy az archaea evolúciós története és biokémiai tulajdonságai különböznek egymástól
A 20. század közepéig a biológusok minden élő dolgot növénynek vagy állatnak minősítettek. De ez a rendszer nem tudta befogadni a gombákat, a protistákat és a baktériumokat. Így az 1970-es évekre az osztályozási rendszer az öt királyság néven ismertté vált - prokarióták (baktériumok) és eukarióták (növények, állatok, gombák, protisták). Az eukariótákat a sejtekben magok, citoszkeletonok és belső membránok jellemzik.
Az 1970-es évek végén Dr. Carl Woese és munkatársai az Illinoisi Egyetemen olyan mikroorganizmusok csoportját azonosították, amelyek genetikai felépítése nagyban különbözik a többi baktériumtól. Tehát megosztották a prokarióta életet az általuk hívták archaeabacteria és eubaktériumot. Később azonban arra a következtetésre jutottak, hogy az "archaeabacteria" kellően különböznek egymástól, hogy egyáltalán ne legyen baktérium. Tehát a csoportokat átnevezték archaea és baktériumok.
Az archaea és az eubacteria is hasonló alakú és méretű. Mindkettőt rúdként, cocciként, spirálként, lemezként vagy tekercseléssel lehet előfordítani.
Az archaea és a baktériumok általános sejtszerkezete ugyanaz, de egyes struktúrák összetétele és szervezete különbözik az archaea-ban. A baktériumokhoz hasonlóan az archaea nem rendelkezik belső membránnal, de mindkettőnek van sejtfala, és úszni használnak flagellat.
Az archaea abban különbözik abban, hogy sejtfaluk nem tartalmaz peptidoglikánt, és a sejtmembrán éterhez kötött lipideket használ, szemben a baktériumok észterkötött lipidjeivel.
Az Archaea flagella a IV. Típusú baktériumokból fejlődött ki, míg a baktériumos flagella a III. Típusú szekréciós rendszerből fejlődött ki. A bakteriális flagellum olyan, mint egy üreges szár, amelyet alegységek alkotnak, amelyek szabadon mozoghatnak a középső póruson felfelé, és hozzáadhatják a flagella hegyét, míg az archaea flagella alegységeket az alaphoz adnak.
archaea reprodukálni aszexuálisan a bináris hasadás, a bimbózás és a fragmentáció révén. Eubacteria szaporodnak aszexuálisan bináris hasítás, bimbózás, fragmentáció révén, de az eubakteriáknak egyedülálló képessége van spórák kialakításában, hogy évekig alvó állapotban maradjanak, és ezt a tulajdonságot az Archaea nem mutatta ki. A baktériumok növekedése három fázisban következik: a késleltetett fázis, amikor a sejtek alkalmazkodnak az új környezethez, a log fázis jelzi az exponenciális növekedést és az álló fázis, amikor a tápanyagok kimerülnek.
archaea képes túlélni szélsőséges és nehéz körülmények között, például meleg források, sós tavak, mocsarak, óceánok, kérődzők és emberek béljei. Eubacteria mindenütt jelen vannak, és megtalálhatók a talajban, a forró forrásokban, a radioaktív szennyvízben, a földkéregben, a szerves anyagokban, a növényekben és az állatokban stb..