A múltban, archaea osztályozták a következőket: baktériumok és hívták őket archaebaktériumokból. Azt azonban felfedezték, hogy az archaea evolúciós története és biokémiai tulajdonságai különböznek egymástól
A 20. század közepéig a biológusok minden élő dolgot növénynek vagy állatnak minősítettek. De ez a rendszer nem tudta befogadni a gombákat, a protistákat és a baktériumokat. Így az 1970-es évekre az osztályozási rendszer az öt királyság néven ismertté vált - prokarióták (baktériumok) és eukarióták (növények, állatok, gombák, protisták). Az eukariótákat a sejtekben magok, citoszkeletonok és belső membránok jellemzik.
Az 1970-es évek végén Dr. Carl Woese és munkatársai az Illinoisi Egyetemen olyan mikroorganizmusok csoportját azonosították, amelyek genetikai felépítése nagyban különbözik a többi baktériumtól. Tehát megosztották a prokarióta életet az általuk hívták archaeabacteria és eubaktériumot. Később azonban arra a következtetésre jutottak, hogy az "archaeabacteria" kellően különböznek egymástól, hogy egyáltalán ne legyen baktérium. Tehát a csoportokat átnevezték archaea és baktériumok.
Az életfa az összes élő szervezet osztályozását mutatja.Az archaea és az eubacteria is hasonló alakú és méretű. Mindkettőt rúdként, cocciként, spirálként, lemezként vagy tekercseléssel lehet előfordítani.
Az archaea és a baktériumok általános sejtszerkezete ugyanaz, de egyes struktúrák összetétele és szervezete különbözik az archaea-ban. A baktériumokhoz hasonlóan az archaea nem rendelkezik belső membránnal, de mindkettőnek van sejtfala, és úszni használnak flagellat.
Az archaea abban különbözik abban, hogy sejtfaluk nem tartalmaz peptidoglikánt, és a sejtmembrán éterhez kötött lipideket használ, szemben a baktériumok észterkötött lipidjeivel.
Az Archaea flagella a IV. Típusú baktériumokból fejlődött ki, míg a baktériumos flagella a III. Típusú szekréciós rendszerből fejlődött ki. A bakteriális flagellum olyan, mint egy üreges szár, amelyet alegységek alkotnak, amelyek szabadon mozoghatnak a középső póruson felfelé, és hozzáadhatják a flagella hegyét, míg az archaea flagella alegységeket az alaphoz adnak.
archaea reprodukálni aszexuálisan a bináris hasadás, a bimbózás és a fragmentáció révén. Eubacteria szaporodnak aszexuálisan bináris hasítás, bimbózás, fragmentáció révén, de az eubakteriáknak egyedülálló képessége van spórák kialakításában, hogy évekig alvó állapotban maradjanak, és ezt a tulajdonságot az Archaea nem mutatta ki. A baktériumok növekedése három fázisban következik: a késleltetett fázis, amikor a sejtek alkalmazkodnak az új környezethez, a log fázis jelzi az exponenciális növekedést és az álló fázis, amikor a tápanyagok kimerülnek.
archaea képes túlélni szélsőséges és nehéz körülmények között, például meleg források, sós tavak, mocsarak, óceánok, kérődzők és emberek béljei. Eubacteria mindenütt jelen vannak, és megtalálhatók a talajban, a forró forrásokban, a radioaktív szennyvízben, a földkéregben, a szerves anyagokban, a növényekben és az állatokban stb..