A prokarióta sejtek átmérője általában 0,2–2,0 mikrométer, míg az eukarióta sejtek átmérője 10–100 mikrométer..
Az eukariótákat úgy hívják, hogy „valódi magokkal” rendelkezzenek, mivel membránhoz kötött magokat tartalmaznak, és más organellákból, például lizoszómákból, Golgi-komplexből, endoplazmatikus retikulumból, mitokondriumokból és kloroplasztokból állnak, míg a prokariótáknak nincs nukleáris membránja vagy más membránnal bezárt organellája.
A prokariótákban a flagellum két fehérjeépítő blokkból készül; és a sejtfal kémiailag összetett és peptidoglikánból (egyetlen aminosavak és cukor egy polimerje) készül, Â míg az eukarióták flagellum komplexebb több mikrotubulussal, és amikor a sejtfalak jelen vannak, kémiailag egyszerűek.
A prokariótákban a sejtosztódás bináris hasadással történik, meiozisra nem kerül sor, csak a DNS-fragmentumok átvitele konjugációval történik. Az eukariótákban a sejtosztódás mitózison keresztül történik, a szexuális szaporodás pedig meiozis révén.
Az eukariótákban a plazmamembrán szterinekből és szénhidrátokból áll. A citoplazma citoszkeletonból áll, és citoplazmatikus áramlás van jelen. A riboszómák nagyobb (80S) és kisebb (70S) méretűek, és a kromoszómák többszörös és lineárisan vannak elrendezve a hisztonokkal. Az eukarióták DNS-je sokkal összetettebb, mint a prokarióták DNS-é.
A prokariótákban a plazmamembrán nem tartalmaz szénhidrátokat vagy szterineket. A citoplazmában nincs citoszketeton vagy citoplazma áramlás. A riboszómák kisebbek (70S), és egyetlen kör alakú kromoszómával vannak jelen, amely nem tartalmaz hisztonokat.