A Fat32 és az NTFS a merevlemezen lévő összes fájl nyomon követésére jött létre. Bill Gates és Marc McDonald által létrehozott Fat (File Allocation System), a kettő közül az idősebb, és sok változáson ment keresztül az első megjelenése után, 1977-ben. A szám azt a bitszámot jelöli, amely a fájlokat. A Fat16 már jó ideje a szabvány, amíg a 4 GB-nál nagyobb kapacitású merevlemez meg nem érkezett a piacra, amelyen a Fat32 jött létre..
Másrészt az NTFS fájlrendszer az OS / 2 által használt HPFS fájlrendszerből született, az IBM és a Microsoft együttműködésével. Amikor az üzlet nem haladt át, a HPFS egyes szolgáltatásai megjelentek az NTFS-ben, amikor a Windows NT platformon megjelentek. Azóta kifejlesztették, és megjelenik a legújabb Windows verziókban, mint például az XP, Vista és a hamarosan megjelenő Windows 7. A Microsoft rendelkezik az NTFS szabadalmával, így nem tesz közzé semmilyen részletet a fájlrendszerről, amely csak az NTFS meghajtókat hozza létre. hosszú ideig olvasható a Windows rendszerekben, bár vannak olyan linux-implementációk, amelyek képesek NTFS-meghajtókat elérni, de kiemelkedő tulajdonságai nélkül.
A Fat32 egy nagyon egyszerű és bolyhos mentes rendszer, amely szintén nagyon dokumentált. Valójában semmi mást nem tesz, kivéve a fájlok helyének nyomon követését. Ezért lett a választott fájlrendszer a legtöbb hordozható adathordozóhoz, például a flash meghajtókhoz, mp3 lejátszókhoz és memóriakártyákhoz..
Az NTFS fájlrendszer éppen ellenkezőleg, többféle fejlesztést kínál, amelyek nemcsak a teljesítményét, hanem a biztonságot is javítják. Az egyik átlátszó fájltömörítés, amely automatikusan tömöríti a fájlt, amikor azt a lemezre írják. Ez felszabadíthat némi lemezterületet, de a fájlok betöltése eltarthat egy ideig. Egy másik a lemezkvóta, ahol a rendszergazda meghatározhatja, hogy a lemez mekkora részét tudja használni egy adott felhasználó.
Az NTFS és a FAT32 fájlrendszerek közötti választás viszonylag egyszerű feladat. Egyszerűen fogalmazva: az NTFS a jobb választás, ha Windows számítógépes rendszeren szeretné telepíteni. Nem csak a sebességjavítások miatt, hanem a sokoldalúság miatt is. Ez azonban nem ajánlott hordozható média esetén, mivel a legtöbb eszköz és más operációs rendszer nehézségekkel küzd, vagy egyenesen nem tudják elérni az NTFS meghajtókat.