Különbség az exome és az RNS szekvenálás között

Fő különbség - Exome vs RNS szekvenálás
 

A nukleinsav-szekvenálás az a módszer, amely meghatározza a nukleotidok sorrendjét egy szervezet DNS vagy RNS egy adott fragmentumában. A szekvenálás fontos a sejt DNS- és RNS-felépítésének azonosításában és bizonyos funkcionális fehérjéket kódoló gének megkülönböztetésében; így a szekvenálás felhasználható ezen gének mutációinak és gén expressziójának megértésére. A Sanger szekvenálási módszer vagy a fejlettebb új generációs szekvenálási módszerek azok a szekvenálási módszerek, amelyeket általában használnak. Az exome szekvenálás a szervezetben jelen lévő teljes exonok vagy kódoló DNS régiók szekvenálása, míg az RNS szekvenálás a Ribonukleinsavak (RNS) szekvenálási eljárása.. Ez a legfontosabb különbség az exome és az RNS szekvenálás között.

TARTALOMJEGYZÉK

1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi az Exome szekvenálás?
3. Mi az RNS szekvenálás?
4. hasonlóságok az Exome és az RNS szekvenálás között
5. Side by side összehasonlítás - Exome vs RNA szekvenálás táblázatos formában
6. Összegzés

Mi az Exome szekvenálás??

Az exome a genom egy részhalmaza, amely egy adott organizmus kódoló génjeiből áll. A kódoló géneket exonoknak nevezzük, és átírják mRNS-be, majd aminosavszekvenciákká transzlálják. A transzkripciós módosítások során az eukariótákban az RNS splicing mechanizmus eltávolítja az intronokat (nem kódoló régiók), és az exonok megmaradnak. Két fő módszer létezik az exome szekvenálás elvégzésére: megoldás és tömb alapú.

Az oldat-alapú exome-szekvenálás során a DNS-mintákat restrikciós enzimekkel vagy mechanikus módszerrel fragmentáljuk, és hővel denaturáljuk. Ebben a technikában biotinilezett oligonukleotid próbákat (csaléteket) használunk szelektív hibridizációra a genomban lévő célrégiókkal. A kötési lépéshez mágneses sztreptavidin gyöngyöket használunk. A kötést egy mosási lépés követi, ahol a kötetlen és nem célzott szekvenciákat kimossuk. A kötött célokat ezután polimeráz láncreakcióval (PCR) amplifikáljuk, majd Sanger szekvenálással vagy Next Generation Sequencing technikákkal szekvenáljuk..

01. ábra: Exome szekvenálás

A tömb alapú módszer szintén hasonló az oldat alapú módszerhez, azzal a különbséggel, hogy a DNS-fragmenseket mikro-tömbbe vonják be, majd a szekvenálás előtt a kötési és a mosási lépéseket követik.

Az exome szekvenálást számos alkalmazásban alkalmazzák, például a betegségek genetikai diagnosztizálásában, a génterápiában, az új genetikai markerek azonosításában, a mezőgazdaságban a különféle hasznos agronómiai tulajdonságok azonosításához és a növénynemesítési eljárásokhoz.

Mi az RNS szekvenálás??

Az RNS-szekvenálás a transzkriptomán alapul, amely a sejt teljes transzkriptuma. Az RNS-szekvenálás fő célja, hogy katalogizálja a transzkriptum összes faját, beleértve az mRNS-t, a nem kódoló RNS-t és a kis RNS-t, hogy meghatározza a gének transzkripciós szerkezetét és számszerűsítse az egyes transzkripciók expressziós szintjét a fejlődés során. Az RNS szekvenálás során a hibridizációs technológiákat (amelyek érett mRNS szekvenciákból származó komplementer DNS-ek voltak) a szekvenáláshoz kezdetben használták. Jelenleg pontosabb és fejlettebb átadási technikát alkalmaznak az RNS szekvenálására.

02 ábra: RNS szekvenálás

Az RNS szekvenálás során egy olyan RNS mintát, amely teljes RNS vagy frakcionált RNS lehet, komplementer DNS-évé (cDNS) konvertáljuk fordított transzkripcióval, és elkészítjük egy cDNS könyvtárat. Mindegyik cDNS-fragmens mindkét oldalán adapterekhez van rögzítve (párvégű szekvenálás) vagy egyik oldalán (egyvégű szekvenálás). Ezeket a megjelölt szekvenciákat Sanger szekvenálás vagy a következő generáció alkalmazásával szekvenáljuk, mint például az exome szekvenálás.

Milyen hasonlóságok vannak az Exome és az RNA szekvenálás között??

• Röviden kiválasztott fragmensek vagy a teljes DNS / RNS készlet felhasználhatók Exome vagy RNS szekvenáláshoz.
• A szekvenált fragmenseket megőrzik a könyvtárakban.
• A Sanger szekvenálás vagy a Next Generation szekvenálás használható.
• Mindkettő in vitro szekvenálási módszer.
• A szekvenált fragmenseket fluoreszcens címkékkel lehet meghatározni.

Mi a különbség az exome és az RNS szekvenálás között??

Exome vs RNA szekvenálás
Az exome szekvenálás a szervezetben jelen lévő teljes exonok vagy kódoló DNS-régiók szekvenálása.	Az RNS szekvenálása a ribonukleinsavak (RNS) szekvenálási eljárására utal; az átirat.
Kezdő minta
A genomi DNS az exome szekvenálás kiindulási mintája.	Az RNS az RNS szekvenálás kiindulási mintája.
Fogalmazás
Ez csak a teljes DNS kódoló régióit tartalmazza, az Exon néven ismert	Ez RNS-mRNS / transzkriptomot tartalmaz.
A szekvenálás
Az exome szekvenálás két fő módszere van; megoldás- és tömb alapú technológiák.	Az RNS-szekvenálást egy cDNS-könyvtár előállításával végezzük el, a teljes RNS vagy a fragmentált RNS extrahálásával.

Összegzés - Exome vs RNS szekvenálás

Az Exome egy organizmus kódoló régióinak teljes halmaza, és az Exome pontos nukleotid sorrendjének meghatározására szolgáló technikákat exome szekvenálásnak nevezzük. Az RNS-szekvenálás az a módszer, amely a szervezet RNS-ének nukleotidrendjének meghatározására vonatkozik. Ez a különbség az exome és az RNS szekvenálás között.

Töltse le az Exome vs RNA szekvenálás PDF változatát

Letöltheti e cikk PDF verzióját, és offline célokra felhasználhatja, az idézet megjegyzésének megfelelően. Töltse le itt a PDF verziót. Az Exome és az RNA szekvenálás különbsége

Irodalom:

1.Wang, Zhong és mtsai. “RNA-Seq: forradalmi eszköz a transzkriptika fejlesztéséhez.” Természeti áttekintés. Genetics, Amerikai Egyesült Államok Nemzeti Orvostudományi Könyvtára, 2009. január, elérhető itt. Belépés 2017. szeptember 3-án.
2.Warr, Amanda és mtsai. „Exome szekvenálás: jelenlegi és jövőbeli kilátások.” G3: Gének | Genomok | Genetika, Amerikai Genetikai Társaság, 2015. augusztus, elérhető itt. Belépés 2017. szeptember 3-án.

Kép jóvoltából:

1. „Exome szekvenáló munkafolyamat”: Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) a Commons Wikimedia segítségével
2. SarahKusala - „Journal.pcbi.1004393.g002” - Saját munka (CC BY 3.0) a Commons Wikimedia-on keresztül