Különbség a hierarchikus és a teljes genom lőfegyverének szekvenálása között

Az kulcs különbség a hierarchikus és a teljes genom lőfegyver szekvenálása között ez az a hierarchikus lövöldözős szekvenálás során a genomot a szekvenálás előtt nagyobb részekre bontják, míg a teljes genom lövésfegyver-szekvenálásánál a teljes genomot kis részletekre bontják a szekvenáláshoz.

A szekvenálás fontos módszer a molekuláris folyamatokban, különösen a fajok pontos azonosításában. Valójában ez a módszer a nukleotidok pontos sorrendjének azonosítására egy génben vagy genomban. Számos módszer létezik a szekvenálásra. Ezek közé tartozik a Maxam Gilbert módszer, a Sanger módszer és az automatizált Sanger módszer.

TARTALOMJEGYZÉK

1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a hierarchikus lövöldözős sorrend?
3. Mi a teljes genom lőfegyverének szekvenálása?
4. A hierarchikus és a teljes genom lőfegyverének szekvenálása közötti hasonlóságok
5. Összegzés összehasonlítása - Hierarchikus vs teljes genom lőfegyver szekvenálása táblázatos formában
6. Összegzés

Mi a hierarchikus lövöldözős sorrend??

A hierarchikus lövöldözős sorrend a szekvenálás egyik módszere. Ezt is felülnéző szekvenálásnak hívják. Ez a módszer két lépésből áll: az első lépés a genom amplifikációja, a második lépés a genom fragmentációja. Ebben a módszerben a genomot először nagy részletekre osztják. Ezt követi ezeknek a nagy fragmentumoknak a klónozása különböző gazdaszervezetekben vektorok vagy mesterséges kromoszómák felhasználásával. Ezután ezeket a rekombináns vektorokat könyvtárba rendezik. A lövöldözős szekvenálás során a rekombináns vektorklónok egyénileg szekvenálódnak. A klónokban levő fragmensek restrikciós emésztést végeznek, hogy tovább csökkentsék a genom méretét, ezáltal szekvenálva.

01. ábra: Hierarchikus lövöldözős sorrend

A hierarchikus lövésfegyver-szekvenálás során a nagy töredékdarabokat sorrendben kell elhelyezni, mielőtt a fegyver-szekvenálást megtörténik. A klónozás során beépített molekuláris markerek segítségével történik.

A hierarchikus lövöldözős szekvenálás alacsony felbontású géntérképet hoz létre. De létrehoz egy rendezett sorrendtérképet. Így hosszabb ideig tart, mint a közvetlen szekvenálás. A teljes folyamat késleltethető egy rekombináns vektor könyvtár létrehozása miatt. Ez szintén munkaigényes technika. Jelenleg azonban a technika automatizálva van a munka megkönnyítése érdekében.

Mi a teljes genom lőfegyverének szekvenálása??

A teljes genom fegyverszekvenálása egylépéses szekvenálási folyamat. Ebben a folyamatban először a teljes genomnyírásra kerül sor. Ezt követően ezeknek a kis fragmentumoknak véletlenszerűen sorrendben kell lennie. A szekvenálás befejezése után megtörténik a szekvencia-elemzés. A szekvencia-elemzés során az átfedő szekvenciákat eltávolítják, és az elemzés nem rendelt folyamat. Ezért a szekvenciák összeállítása kevésbé hatékony folyamat a hierarchikus lövöldözős sorrendhez képest. A teljes genom lövöldözős szekvenálásának folyamata azonban gyorsabb, és a teljes genom elemzése egyetlen példányban is megtörténhet..

Milyen hasonlóságok vannak a hierarchikus és a teljes genom lőfegyverének szekvenálása között??

• A hierarchikus és a teljes genom shotgun szekvenálása két szekvenálási megközelítés.
• Mindkettő Sanger-szekvenálási vagy automatikus Sanger-szekvenálási módszerrel esik át.
• Részt vesznek a DNS és RNS fragmensek szekvenálásában.
• Ezenkívül mindkét módszer fontos a molekuláris diagnosztika és a kutatás szempontjából.
• Jelenleg mindkét technika automatizált vagy számítógépes alapú.
• Mindkét módszer a genom széttöredezettségére támaszkodik.

Mi a különbség a hierarchikus és a teljes genom lőfegyverének szekvenálása között??

A hierarchikus lövöldözős szekvenálás nagyobb méretű fragmentumokat generál, összehasonlítva a teljes genomú lövöldözős szekvenálással, amely kis szekvenciákkal működik. Tehát ez a legfontosabb különbség a hierarchikus és a teljes genom lőfegyverének szekvenálása között. Ezenkívül a hierarchikus lövöldözős sorrend két fő lépésből áll, míg a teljes genomú lövöldözős sorrend egy fő lépésből áll.

Ezenkívül a hierarchikus és a teljes genom fegyver szekvenálása között egy másik különbség az, hogy a teljes genom fegyver szekvenálásnál nagyobb a felbontás, mint a hierarchikus fegyver szekvenálásnál.

Az alábbi infographic összefoglalja a különbséget a hierarchikus és a teljes genom lőfegyver szekvenálása között.

Összegzés - Hierarchikus vs teljes genom lőfegyver szekvenálása

A hierarchikus és a teljes genom fegyver szekvenálása két módszer a nagy genomok szekvenálására. A hierarchikus lövöldözős szekvencia egy kétlépéses szekvenálási folyamat, ahol a genom nagyobb részekre oszlik. Ezzel szemben a teljes genom lövöldözős szekvenálása egylépéses szekvenálás, ahol a genom kis részekre bontódik és közvetlenül szekvenálódik. Ez tehát a legfontosabb különbség a hierarchikus és a teljes genom lőfegyverének szekvenálása között. Ezenkívül a technikai szempontok a két technika között is eltérhetnek.

Referencia:

1. Waterston, Robert H és mtsai. "Az emberi genom szekvenálásáról." Az Amerikai Egyesült Államok Nemzeti Tudományos Akadémia kiadványai, az Országos Tudományos Akadémia, 2002. március 19., elérhető itt.
2. Pál, Shital. “Genom szekvenálás.” LinkedIn SlideShare, 2014. november 4., elérhető itt.

Kép jóvoltából:

1. „Teljes genom lőfegyver-szekvenálás és hierarchikus lőfegyver-szekvenálás”: Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - „Számítási biológiai módszerek és alkalmazásuk a rovarok endocelluláris szimbiotikus baktériumainak összehasonlító genomikájához.” Biol. Eljárások Online (2009). Hozzáférhető a SpringerImages (CC BY-SA 2.5) segítségével a Commons Wikimedia segítségével