Különbség a PCR primerek és a szekvenáló primerek között

Fő különbség - PCR primerek vs A szekvenálás alapozók
 

A molekuláris biológia területén a közelmúltban bekövetkezett fejleményekkel különböző genetikai technikákat fejlesztettek ki, amelyek megkönnyítették és pontossá tették az alany különböző irányainak vizsgálati folyamatait. A PCR és más szekvenálási eljárások két fontos ilyen technika. Különböző alkotóelemeket használnak. A primereket tekintik a PCR és a szekvenálás technikák közös közös fő alkotóelemének. A PCR primereket egy adott DNS-szekvencia amplifikálására használják, miközben sekvivalens primereket használunk egy DNS-fragmens szekvenálásának összefüggésében azzal a céllal, hogy felfedje a nukleotidszekvencia sajátos sorrendjét. Ez a kulcs különbség a PCR primerek és a szekvenáló primerek között.

TARTALOMJEGYZÉK

1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mik a PCR primerek?
3. Mi a szekvenáló alapozó?
4. hasonlóságok a PCR primerek és a szekvenáló primerek között
5. Side by side összehasonlítás - PCR alapozók vs szekvenáló alapozók táblázatos formában
6. Összegzés

Mik a PCR primerek??

A polimeráz láncreakció (PCR) egy genetikai technika, amelyet a molekuláris biológia területén alkalmaznak annak érdekében, hogy egy adott DNS-szegmens egyetlen vagy néhány példányát amplifikálják, és sok millió azonos példányt kapjanak. A PCR reakcióban különféle komponenseket használunk, ideértve a primereket is. A primerek rövid, 18-25 nukleotid hosszúságú DNS-szálak, amelyek kompatibilisek az amplifikálandó DNS-fragmensek kezdő és végtartományával. A primerek lehetnek előremenő és fordított alapozók. Ezek a primerek azokban a specifikus pontokban kötődnek a DNS-fragmenshez, ahol ez a DNS-polimerázt az adott helyen lévő specifikus primerhez köti és az új DNS-szál szintézisének megindításához.

A primerek kiválasztása a PCR-folyamat fontos szempontja. Az alapozó hosszának megválasztása fontos. Az ideális hosszúság 18-25 nukleotid lenne. Ha a hosszúság túl rövid vagy túl hosszú, a primerek nem kötődnek a pontos amplifikációhoz szükséges DNS-szekvenciához. A túl rövid primerek nem-specifikus primerek végtelenítéséhez vezetnek a DNS-szekvencia különböző helyein.

01. ábra: PCR primerek

A jó primer guanin- és citozintartalmának (GC) 40–60 tartományban kell lennie. A primer lágyulási hőmérséklete és az olvadási hőmérséklet alapvető tényezők a PCR során. Az olvadási hőmérsékletet pontosan kell kiszámítani, és a primer lágyulási hőmérsékletének 5-nek kell lennie ⁰C-nél alacsonyabb, mint az olvadási hőmérséklet. Az olvadás hőmérséklete 60 ° C és 75 ° C. A túl magas vagy túl alacsony hőmérsékletek kevésbé aktív DNS-polimeráz aktivitást eredményeznek.

Mik a szekvenáló alapozók??

A szekvenáló primereket egy DNS-fragmens szekvenálásának összefüggésében használjuk azzal a céllal, hogy felfedje annak specifikus identitását. A jó szekvenálási eredmények elérése érdekében fontos a magas minőségű primerek és sablonok. Tehát, amikor a primereket kiválasztják, azoknak egy adott régióban egyedieknek kell lenniük, ahol szekvenciát kívánunk elérni. Megfelelő tájolásúnak kell lennie, ahol a szekvenciákat általában a primerek 3 '- 5' végéből generálják. A sorozatnak nem kell lennie a nemkívánatos önhibridizációval, például hajtűhurok kialakulásával. Nem tartalmazhat guaninbázisok egymást követő képződését.

Az alapozó olvadási hőmérsékletének (Tm) megfelelőnek kell lennie a szekvenálás körülményeihez. Ezért 52 és 52 között kell lennie^oC és 74^oC. A primerként használt oligonukleotidok előállítását meg kell tisztítani, hogy a szekvencia kívánt teljes hosszúságát megkapjuk. Ha az oligonukleotidok szennyeződéseket tartalmaznak, akkor a primer szekvencia jelátvitelét a különböző alapozó helyekre helyezik, és ez szintén csökkenti az alapsejtek számát.

02 ábra: Szekvenáló alapozók

Az oligonukleotid primer olvadási hőmérséklete (Tm) meghatározza, hogy a komplementer DNS-szálak milyen erősen hibridizálódnak egymással. A Tm termodinamikai számításnak tekinthető, ha az mind a DNS-szekvenciától, mind számos körülménytől, például a sókoncentrációtól függ. A Tm fontos a PCR során, amikor a ciklus szekvenálásnak nevezett variánst használják nagyoxi-nukleotid-terminális fragmensek csoportjának előállítására. Ebben az esetben a szekvenált primert először alternatív módon megégetik, majd meghosszabbítják és végül denaturálják az amplifikáció céljából. Ezért a Tm értéknek 52 között kell lennie^oC és 74^o C. Szintetizált oligonukleotidok a választás szerint beszerezhetők DNS / RNS szintézis laboratóriumokból. A DNS-szekvenáláshoz használt kis szintézis általában 50 nmol. A legfontosabb, hogy a szekvenáláshoz használt primereket tisztítsák meg olyan szennyeződésektől, amelyek megakadályozzák a minőségcsökkenést.

Milyen hasonlóságok vannak a PCR primerek és a szekvenáló primerek között??

• Mind a PCR, mind a szekvenáló primerek olyan primerek, amelyeket egy célzott DNS szekvencia amplifikációs folyamatában használnak.
• Mind a PCR, mind a szekvenáló primerek nukleotidokból állnak.
• Mind a PCR, mind a szekvenáló primerek rövid oligomerek.

Mi a különbség a PCR primerek és a szekvenáló primerek között??

PCR alapozók vs szekvenáló alapozók
A PCR primerek rövid, 18-25 nukleotid szekvenciájú DNS-szálak, amelyek összeegyeztethetők az amplifikálandó DNS-fragmensek kezdő és végtartományával.	A szekvenáló primerek rövid oligomerek, amelyeket egy DNS-fragmens szekvenálásához használnak azzal a céllal, hogy feltárja annak specifikus identitását.
Funkció
A PCR primereket egy adott DNS-szekvencia amplifikálására használják.	A szekvenáló primereket egy DNS-fragmens szekvenálásának összefüggésében használjuk azzal a céllal, hogy felfedje annak specifikus identitását.
Szükséges primerek száma
Két alapozó; egy előremenő és egy fordított alapozót használunk PCR primerekként.	Szekvenáló alapozóként csak egy alapozóra van szükség.

összefoglalás - PCR primerek vs A szekvenálás alapozók

A szekvenáló primereket egy DNS-fragmens szekvenálásának összefüggésében használjuk azzal a céllal, hogy felfedje annak specifikus identitását. Egy szekvenáló alapozó elegendő lesz a folyamat futtatásához. A jó szekvenálási eredmények elérése érdekében fontos a kiváló minőségű primerek és sablonok. Tehát, amikor a primereket kiválasztják, azoknak egy adott régióban egyedieknek kell lenniük, ahol szekvenciát kívánunk elérni. A PCR primerek rövid, 18-25 nukleotid hosszúságú DNS-szálak, amelyek összeegyeztethetők az amplifikálandó DNS-fragmensek kezdő és végtartományával. A PCR primerek lehetnek előremenő és fordított primerek. A jó primer guanin- és citozintartalmának (GC) 40–60 tartományban kell lennie. A primer lágyulási hőmérséklete és az olvadási hőmérséklet alapvető szempont a PCR során. Ez a különbség a PCR primerek és a szekvenáló primerek között.

Referencia:

1. “Polimeráz láncreakció (PCR).” Khan Akadémia. Itt érhető el
2. „Alapozók szekvenálása és alapozása”. Szekvenáló alapozók és alapozók kialakítása | Egyetemi DNS - szolgáltatások | Calgary Egyetem. Itt érhető el    

Kép jóvoltából:

1.'Primers RevComp'By Zephyris - Saját munka, (CC BY-SA 3.0) a Commons Wikimedia segítségével 
2. 'DNA Sequencin 3 címkézési módszerek' Abyar (eredeti feltöltő) az angol Wikipedia-ban - Gustavocarra., (Public Domain) a Commons Wikimedia-on keresztül