Különbség a QTL és a GWAS között

Az kulcs különbség A QTL és a GWAS között az elemzésben alkalmazott szekvenciák típusa támaszkodik. A QTL kapcsológén lókuszokat használ a poligén öröklődéshez kapcsolódó fenotípusos tulajdonságok elemzésére, míg a GWAS teljes genomszekvenciákat alkalmaz egy adott állapot egyetlen nukleotid polimorfizmusainak elemzésére..

A QTL térképek és a GWAS fontos szerepet játszanak a különféle tulajdonságok genetikai elemzésében. Ezenkívül fontosak az ismeretlen etiológiájú különféle betegségek elemzésében. Ezenkívül a szekvenálás kulcsfontosságú szerepet játszik mindkét technikában. Ezeket a technikákat tovább lehet kapcsolni más, nagy teljesítményű technikákkal a nagyobb pontosság és pontosság érdekében.

TARTALOMJEGYZÉK

1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a QTL? 
3. Mi a GWAS?
4. hasonlóságok a QTL és a GWAS között
5. Side by side összehasonlítás - QTL vs GWAS táblázatos formában
6. Összegzés

Mi a QTL??

A QTL jelentése Mennyiségi tulajdonság -. A DNS egy olyan része, amely fenotípusos vonással társul. Általában a QTL poligén hatásokat vált ki. A QTL-ek eloszlása ​​változó, és a QTL-ek száma megmutatja egy adott fenotípusos tulajdonság variációjának fokát. Ezenkívül általában a folyamatos tulajdonságok alapjául szolgálnak, nem pedig különálló tulajdonságokkal.

A QTL régiók azonosításakor fontos egy adott QTL terület szekvenálása. Ezen felül a vizsgálatok és kutatások megkönnyítése érdekében a közös QTL régiók szekvencia-adatainak szekvenálására és tárolására bioinformatika bevonásával kerül sor. Ezt a technikát QTL leképezésnek hívjuk. Ezt követően egy adatbázis épül fel a QTL régió szekvenciákkal.

01. ábra: QTL szkennelés

Ezenkívül a QTL szekvenciák alkalmazása elsősorban a BLAST eszközre támaszkodik, ahol a szekvencia hasonlósága meghatározható. Fontos az organizmusok közötti kapcsolatok levezetésében. Ezenkívül fontos az adott poligén fenotípus összetettségének meghatározása. Ez egy adott tulajdonság kialakulását is meghatározza.

Jelenleg a QTL analízist más nagy teljesítményű technikákkal, például a DNS mikrotáblákkal kombinálják. Ez fontos a fenotípus expressziós elemzésében. Jelenleg a tudósok nagyon érdeklődnek a QTL adatbázis fejlesztése iránt, mivel a QTL régiók felelősek a különféle fajok sok fontos tulajdonságáért.

Mi a GWAS??

A GWAS jelentése Genomszéles társulási tanulmány. Ez utal a teljes genom társulási tanulmányokra is. Ezek a tanulmányok elsősorban a megfigyelési vizsgálatokra koncentrálnak. Elemzi a különféle egyének genetikai variánsait, amelyek általában egy adott tulajdonsághoz kapcsolódnak. Ezenkívül a teljes genom fontos a GWAS elemzés szempontjából.

02 ábra: GWAS

A GWAS fontos eszköz az egyes nukleotid polimorfizmusok elemzésében, különféle betegségekkel összefüggésben. Ez egy összehasonlító tanulmány a különféle egyetlen nukleotid polimorfizmusokról is széles körben. Ezen felül a GWAS vizsgálati mintája nagyon magas; ennélfogva a keresztmetszeti kohort tanulmány formátumát is figyelembe veszi.

Ezenkívül az első GWAS-vizsgálatot a miokardiális infarktusra és a miokardiális infarktushoz kapcsolódó gének elemzésére is elvégezték. Jelenleg a GWAS fontos szerepet játszik az ismeretlen etiológiájú komplex betegségek genetikai hátterének meghatározásában.

Milyen hasonlóságok vannak a QTL és a GWAS között??

• Az elemzéshez a DNS-szekvencia-adatokra támaszkodnak.
• Mindkettő a különböző karakterek genetikai hátteréhez kapcsolódik.
• Ezenkívül bioinformatikai eszközökre van szükségük az eredmények következtetéséhez és értelmezéséhez.
• Nagy populációkon végeznek.

Mi a különbség a QTL és a GWAS között??

A QTL a poligén örökléshez kapcsolódó fenotípusos vonásokat elemzi kapcsolt gén lókuszok felhasználásával, míg a GWAS egy adott állapot egyetlen nukleotid polimorfizmusait elemzi teljes genomszekvenciák felhasználásával. Tehát ez a legfontosabb különbség a QTL és a GWAS között. A QTL leképezés viszonylag kevésbé összetett módszer, mint a GWAS, mivel teljes genom szekvenálást igényel.

Az alábbi infographic táblázatos formában foglalja össze a QTL és a GWAS közötti különbséget.

Összegzés - QTL vs GWAS

A QTL leképezés és a GWAS nagy szerepet játszik a különféle fenotípusos tulajdonságok genetikai hátterének meghatározásában. Segítenek a különféle betegségek genetikai hátterének elemzésében. A QTL leképezés feltérképezi a folyamatos tulajdonságokért felelős kapcsolódási géneket, és magában foglalja a poligén öröklődés gének feltérképezését is. A GWAS viszont teljes genommal történik, az egyetlen nukleotid polimorfizmusok elemzésével. Ezen felül ez történik egy nagyobb népesség körében. Tehát ez a QTL és a GWAS közötti különbség összefoglalása.

Referencia:

1. Liu, Ruixian és mtsai. „A hegyvidéki gyapot rostminőségi tulajdonságainak és hozamkomponenseinek GWAS elemzése és QTL azonosítása dúsított, nagy sűrűségű SNP markerekkel.” A határok a növénytudományban, Frontiers Media S.A., 2018. szeptember 13, elérhető itt.
2. „GWAS Vs. Qtl leképezés? ” Legújabb hozzászólások, elérhető itt.

Kép jóvoltából:

1. „Példa a genom szintű QTL-letapogatásra a PLoS Biology-ból” - írta: Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Osteoporosis összekapcsolása a 20p12 kromoszómával és az asszociáció a BMP2-vel. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) a Commons Wikimedia-on keresztül
2. Bush WS és Moore JH „GWAS-betegség allél hatásai” - Bush WS, Moore JH (2012) 11. fejezet: Genomszéles asszociációs tanulmányok. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) a Commons Wikimedia-on keresztül