Különbség a véletlenszerű primerek és az Oligo dT között

Az kulcs különbség a véletlen primerek és az oligo dT között ez a véletlenszerű primer az összes lehetséges hexamer oligonukleotid szekvencia keveréke, míg az oligo dT primer egyszálú 12-18 dezoxi-timidinek szakaszból áll..

A reverz transzkripció olyan mechanizmus, amelyben a cDNS szintetizálható mRNS vagy bármely RNS faj felhasználásával. A cDNS előállításához fordított transzkriptáz enzimet és más szükséges komponenseket kell biztosítani, különösen templátot és primereket. A primerek azok a rövid DNS-szekvenciák, amelyeket kifejezetten a célszekvenciák amplifikálására terveztek. A véletlenszerű primerek és az oligo dT primerek kétféle általános típusú primerek, amelyeket a reverz transzkripcióban használnak. Ezért a véletlenszerű primer vagy az oligo dT primer rövid DNS oligonukleotid szekvencia, amely a reverz transzkriptázhoz szükséges a reverz transzkripció kezdeményezéséhez. Az RNS-templáttól függően a megfelelő primert kiválaszthatjuk e két primertípus közül.

TARTALOMJEGYZÉK

1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a véletlenszerű alapozó? 
3. Mi az Oligo dT
4. hasonlóságok a véletlenszerű primerek és az Oligo dT között
5. Side by Side összehasonlítás - Véletlenszerű alapozók vs Oligo dT táblázatos formában
6. Összegzés

Mik a véletlenszerű primerek??

A véletlenszerű primer az összes lehetséges hexamer szekvenciát képviselő oligonukleotidok keveréke. A véletlenszerű primerek primer szekvenciája 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T vagy C. Ezért a véletlenszerű primerek felhasználhatók az egyszálú DNS vagy RNS amplifikálására DNS polimeráz vagy reverz transzkriptáz segítségével, illetőleg. Ezen felül a véletlenszerű primer keverék képes az RNS összes régióját amplifikálni cDNS előállítására. Így különböző hosszúságú cDNS-t termel.

01. ábra: Véletlenszerű alapozók

A legfontosabb, hogy a véletlenszerű primer keverék nem mutat sablon-specifitást. Nem képes megkülönböztetni az mRNS-t és más RNS-fajokat. És megbénul a mintában szereplő bármely RNS-fajjal. A véletlenszerű primer keverék azonban alkalmas RNA-k reverz transzkripciójára poli (A) farok nélkül, például rRNS, tRNS, nem kódoló RNS, kis RNS, prokarióta mRNS stb., Lebontott RNS és ismert szekunder szerkezetű RNS..

Mi az Oligo dT?

Az Oligo dT primer 12-18 dezoxi-ti-amin (dT) szakasz. A primer szekvencia 5'-d alakban ábrázolható (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. A poli (A) farokból származó mRNS-ből cDNS előállítására használják. Alapvetően primerként szolgál a reverz transzkriptáz által katalizált reakcióhoz. A reverz transzkripció során az oligo dT primer a legtöbb eukarióta mRNS 3'-végén található poliadenilált farokkal megkeményedik és megkezdi a folyamatot.

02 ábra: Fordított transzkripció az Oligo dT Primer használatával

A véletlenszerű primerrel ellentétben az oligo dT primer nem alkalmas lebontott RNS-re vagy RNS-re, amelyekben nincs poli (A) farok, ideértve a prokarióta RNS-t és a microRNS-t.

Mik a hasonlóságok a véletlenszerű primerek és az Oligo dT között??

• A véletlenszerű primer és az oligo dT primer két típusú primert tartalmaz, amelyeket fordított transzkripcióban és a cDNS előállításához használnak..
• A véletlenszerű primer és az oligo dT primer együttes használata növeli a cDNS szintézis érzékenységét.
• Egyszálú rövid nukleotidszekvenciák.

Mi a különbség a véletlenszerű primerek és az Oligo dT között??

A véletlenszerű primer egy véletlenszerű szekvenciából álló rövid oligonukleotid szekvencia. Eközben az oligo dT primer egy rövid szál, amely 12-18 dezoxi-timidinből áll. Szóval, ez a legfontosabb különbség a véletlenszerű primerek és az oligo dT között. A véletlenszerű primer szekvenciája 5 '- d (NNNNNNN) -3' N = G, A, T vagy C. Míg az oligo dT primer szekvenciája 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Ezért ezt a véletlenszerű primerek és az oligo dT közötti újabb különbségnek tekinthetjük.

Ezenkívül a véletlenszerű primerek nem mutatnak sablon-specifitást, és az RNS bármely fajával elegyednek, míg az oligo dT primerek az eukarióta mRNS poli (A) farkainak specifitását mutatják.

Az alábbi infographic összefoglalja a véletlenszerű primerek és az oligo dT közötti különbséget.

Összegzés - Véletlenszerű alapozók vs Oligo dT

A véletlenszerű és az oligo dT primer a primerek két típusa, amelyeket a cDNS szintézisében használnak. A véletlenszerű primer oligonukleotidok keverékéből áll, amelyek az összes lehetséges hexamer szekvenciát képviselik, míg az oligo dT primer egyszálú szekvencia, amely 12-18 dezoxi-timidint tartalmaz. Szóval, ez a legfontosabb különbség a véletlenszerű primerek és az oligo dT között. Ezen túlmenően, az oligo dT primerek hasznosak az RNS teljes hosszúságú reverz transzkripciójában poli (A) farokkal, míg a véletlen primerek a legtöbb RNS faj reverz transzkripciójához hasznosak, ideértve a lebontott RNS-t, a poli (A) farok nélküli RNS-t és az RNS-t tartalmazó RNS-t másodlagos struktúrák. Ezért a véletlenszerű primer nem mutat templát-specifitást, míg az oligo dT primer specifitást mutat az eukarióta mRNS-sel, amely poli (A) farkot tartalmaz.

Referencia:

1. „Fordított transzkripció beállítása: Thermo Fisher Scientific - USA.” Fordított átírási beállítás | Thermo Fisher Scientific - USA, elérhető itt.

Kép jóvoltából:

1. Zephyris „Primers RevComp” - Saját munkája (CC BY-SA 3.0) a Commons Wikimedia segítségével
2. Lokeshthimmana „RT PCR modell” - Saját munka (CC BY-SA 4.0) a Commons Wikimedia-on keresztül