Különbség a SYBR Green és a Taqman között

Fő különbség - SYBR zöld vs Taqman
 

Az SYBR Green és a Taqman két módszer a valós idejű PCR amplifikációs folyamatának detektálására vagy megfigyelésére. Az SYBR Green egy nukleinsav festékfesték interkalációjára alapozott módszer, míg a Taqman hidrolízis szonda alapú módszer. Mindkét technológiát úgy tervezték, hogy fluoreszcenciát generáljon a PCR során, amely lehetővé teszi a valós idejű PCR-gépeknek a reakció valósidejű monitorozását. Az SYBR Green módszert SYBR zöldnek nevezett fluoreszcens festék alkalmazásával hajtjuk végre, és az amplifikációt úgy detektálja, hogy a festéket kettős szálú DNS-hez köti. A Taqman-t kettős címkével ellátott próbákkal hajtják végre, és kimutatják az amplifikációt a próba Taq-polimeráz általi lebontásával és a fluorofór felszabadulásával.. Ez a legfontosabb különbség az SYBR Green és a Taqman között.

TARTALOMJEGYZÉK
1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi a SYBR Green?
3. Mi a Taqman?
4. Side by side összehasonlítás - SYBR Green vs Taqman
5. Összegzés

Mi a SYBR Green??

Az SYBR Green egy fluoreszcens festék, amelyet a nukleinsavak, különösen a kettős szálú DNS festésére használnak a molekuláris biológiában. Az SYBR Green módszer a PCR termékek kvantitatív meghatározására a valós idejű PCR során. Miután a DNS-hez kötődik, a kapott DNS-festék-komplex abszorbeálja a kék fényt és intenzív zöld fényt bocsát ki. Ez annak a szerkezeti változásnak köszönhető, amely a festékmolekulában kettős szálú DNS-hez való kötődéskor következik be. Amikor a PCR egyre több és több DNS-t hoz létre, több festékmolekula kötődik a DNS-hez, így több fluoreszcenciát generál. Ezért a fluoreszcencia növekszik a PCR termék felhalmozódásával. Ennélfogva a PCR termék mennyisége kvantitatív módon mérhető az SYBR Green fluoreszcencia detektálásával.

Az SYBR zöld festék felhasználható a DNS jelölésére citometria és fluoreszcens mikroszkópia során is. Az etidium-bromidot sikeresen felváltotta a SYBR Green, mivel az etidium-bromid rákkeltő festék, amelynek ártalmatlanítási problémái vannak a gélelektroforézis során a DNS-megjelenítés során..

A SYBR zöld módszer előnyei és hátrányai vannak. Ez a módszer nagyon érzékeny, olcsó és könnyen használható. Bármely kétszálú DNS-hez való kötődésének képessége miatt a nem-specifikus kötés a PCR-termék túlzott mennyiségi meghatározásához vezethet.

01. ábra: SYBR zöld technika

Mi az a Taqman??

A Taqman a SYBR Green alternatív módszere a valós idejű PCR-folyamat monitorozására. Ez a módszer a Taq polimeráz enzim 5 '- 3' exonukleáz aktivitásától függ, hogy lebontja a próba az új szál meghosszabbítása és a fluorofór felszabadulása során. Ebben a módszerben kettős jelöléssel ellátott próbákat alkalmazunk, amelyek a próbák hidrolízisén alapulnak. A próbák fluoreszcensen jelölt DNS-oligonukleotidok, amelyek fluoreszkáló riporter molekulát (fluorofort) tartalmaznak az 5 'végén, és egy quencher molekulát a 3' végén. Úgy tervezték, hogy az alapszemcsék ellenkező oldalán az egyszálú sablonhoz kötődjenek. A Taq polimeráz nukleotidokat ad a primerhez és meghosszabbítja az új szálat a kettős jelzésű próbák felé. Amint a Taq polimeráz találkozik a próbával, a Taq polimeráz exonukleáz hatása aktiválja és lebontja a próbát. Miután befejezte az új szál szintézisét, a próbát teljes lebontásnak vetik alá, és felszabadítja a fluorofort. A fluorofor felszabadulása fluoreszcenciát generál. A fluoreszcens Quencher-molekula hatékonyan elfojtja a kibocsátott fényt és létrehozza a kimenetet a PCR-termék mennyiségi meghatározására. A fluoroforok felszabadulása és a PCR termékek mennyisége arányos. Ezért a mennyiségi meghatározás a Taqman módszerrel egyszerűen elvégezhető.

02 ábra: Taqman módszer

A Taqman módszert valós idejű PCR-ben használják, a gén expressziójának számszerűsítésére, a genetikai polimorfizmusok kimutatására, a kromoszómális DNS-deléciók számszerűsítésére, baktériumok azonosítására, a mikrotípus analízis ellenőrzésére, az SNP genotipizálására stb..

Mi a különbség az SYBR zöld és a Taqman között??

SYBR zöld vs Taqman
Az SYBR Green a DNS-kötő festék alapja.	A Taqman a hibridizációs próbáktól és a Taq polimeráz 5 '- 3' exonukleáz aktivitásától függ.
Fluoreszcensen címkézett szonda
Nincs szükség fluoreszcensen jelölt próbákra.	Kettős címkével ellátott szonda szükséges.
Multiplex génanalízis
Nem használható multiplex géncélokhoz.	Használható multiplex géncélokhoz.
Költség
Ez olcsóbb.	Ez drágább.
sajátosság
Ez kevésbé specifikus és kötődik bármely kettős szálú DNS-hez	Ezek nagyon specifikusak, mivel a próbák kimutatják a specifikus amplifikációs termékeket.
Hatékonyság
Ez kevésbé hatékony.	Ez nagyon hatékony.
Alkalmazás
Ezt valós idejű PCR-ben, agarózgél-megjelenítésben, DNS-címkézésben stb. Használják.	Ezt valós idejű PCR - ben, a gén expressziójának számszerűsítésében, a genetikai polimorfizmusok kimutatásában, stb.

Összegzés - SYBR Green és Taqman

A Taqman és az SYBR green két módszer a valós idejű PCR-ben (kvantitatív PCR). Mindkét módszer lehetővé teszi a PCR termék hatékony kvantifikálását, és a fluoreszcencia kibocsátására támaszkodik. A Taqman módszer kettős címkével ellátott próbákat alkalmaz a felhalmozódott DNS kimutatására, míg az SYBR Green módszer fluoreszcens festéket használ. Mindkét módszernek eltérő alkalmazása van a molekuláris biológiában.

Referencia:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour és Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Az SYBR Green és a TaqMan módszerek összehasonlítása négy adenozin receptor altípus kvantitatív valós idejű polimeráz láncreakció-elemzésében." Fejlett orvosbiológiai kutatás. Medknow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 2017. március 13.
2. „Valós idejű PCR alapelvek”. Valós idejű PCR, kvantitatív (qPCR), alapozók és Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 2017. március 13.
3. “SYBR zöld és más valós idejű PCR festékek”. Biocompare. N.p., 2010. április 5. Web. 2017. március 14

Kép jóvoltából:
1. „PCR SYBR zölddel” - Írta -Ygonaar, 2006. március 7, 23:09 (UTC) - Ez egy grafikon, amelyet Ygonaar készített a Power point segítségével, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. Felhasználó „Taqman”: Braindamaged - Saját munka (Public Domain) a Commons Wikimedia segítségével