Különbség az AFLP és az RFLP között

Fő különbség - AFLP vs RFLP
 

A DNS-vizsgálatok óriási jelentőséggel bírnak a filogenetikai kapcsolatok megértésében és meghatározásában, a genetikai betegségek diagnosztizálásában és a szervezet genomjainak feltérképezésében. Számos DNS-elemzéssel kapcsolatos technikát is alkalmaznak egy adott gén vagy egy DNS-szekvencia azonosítására ismeretlen DNS-készletben. Molekuláris markerekként ismertek. Erősített fragmentumhosszú polimorfizmus (AFLP) és Restrikciós fragmentumhossz polimorfizmus (RFLP) két ilyen molekuláris marker (módszer), amelyet a molekuláris biológiában fejlesztettek ki az organizmusok közötti genetikai variáció kimutatására. Mindkét módszer egyformán fontos, és vannak előnyei és hátrányai. Az AFLP és az RFLP közötti különbség az, hogy Az AFLP magában foglalja az emésztett DNS szelektív PCR amplifikációját, míg az RFLP nem jelenti a DNS fragmentumok szelektív PCR amplifikációját.

TARTALOMJEGYZÉK
1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi az AFLP?
3. Mi az RFLP?
4. Side by side összehasonlítás - AFLP vs RFLP
5. Összegzés

Mi az AFLP??

Az AFLP (amplifikált fragmentumhosszúságú polimorfizmus) fontos eszköz a molekuláris biológiában, és széles körben alkalmazzák a genetikai variáció elemzésében. Az AFLP a fragmentált genomiális DNS specifikus PCR-amplifikációján és a polimorfizmus autoradiográfiás detektálásán alapul gélelektroforézissel. Az AFLP nagymértékben hozzájárul a különféle királyságok törzseinek vagy szorosan rokon fajainak, köztük növények, állatok, baktériumok és gombák genetikai különbségeinek azonosításához. Az AFLP kis mennyiségű ismeretlen DNS mintával elvégezhető. Nem igényel előzetes szekvencia-ismereteket és a szondák megtervezését.

Az AFLP lépései

1. DNS izolálása
2. A DNS emésztése restrikciós endonukleázokkal
3. A korlátozott DNS-fragmensek ligálása adapterekkel
4. A fragmensek szelektív amplifikációja specifikus restrikciós helyekkel
5. A PCR termékek elválasztása gélelektroforézissel
6. A gélmátrix megjelenítése autoradiográfiával

Az AFLP érzékenyebb és reprodukálható módszer, amelyet több taxon, beleértve gombákat, baktériumokat, növényeket és állatokat tartalmazó DNS profilozásban is lehet használni, anélkül, hogy a DNS-szekvenciákról előzetesen tudnánk. Nagyon érzékeny természete miatt elősegíti az egyének közötti kis különbségek azonosítását a populációkban. Az AFLP fontos szerepet játszik a genomok feltérképezésében, a kriminalisztikai vizsgálatokban, a szülői tesztekben, a genotipizálásban stb.

01. ábra: AFLP

Mi az RFLP??

Restrikciós fragmentumhosszú polimorfizmusok (RFLP) egy olyan módszer, amelyet a homológ DNS-szekvenciák genetikai variációinak kimutatására használnak. Ez az első módszer a DNS-profilozáshoz. A szervezetek egyedi DNS-ujjlenyomatokkal vagy DNS-profilokkal rendelkeznek. Az RFLP fontos eszköz az intra-specifikus vagy szorosan rokon organizmusok DNS-profiljai közötti variáció elemzéséhez, mivel a homológ szekvenciák különböző restrikciós helyekkel (helyekkel) rendelkeznek, amelyek egy adott organizmusra jellemzőek. Ha a homológ DNS-t specifikus restrikciós endonukleázokkal emésztjük, az eltérő DNS-profilokat eredményez, amelyek az egyes egyénekre jellemzőek. Ezért ennek a módszernek a fő célja az organizmusok közötti genetikai variáció kimutatása a homológ DNS szűkítésével specifikus restrikciós enzimekkel, és a fragmentumhosszúság polimorfizmusának elemzése gélelektroforézissel és blottel. A blotminták minden organizmusra egyediek és jellemzik a specifikus genotípusokat.

Az RFLP lépései

1. Elegendő mennyiségű DNS izolálása a mintákból
2. A DNS-minták fragmentálása specifikus restrikciós endonukleázokkal rövid szekvenciákba
3. A kapott fragmenseket elválasztjuk különféle hosszúságúak agaróz gélelektroforézissel.
4. A gélprofil átvitele a membránba Southern blot módszerrel

5. A membrán hibridizációja jelölt próbákkal és a fragmentumhosszúság polimorfizmusának elemzése minden profilban

Az RFLP nagyon fontos módszer a betegség öröklődésének felismerésére és a betegség előfordulásának kockázatának felfedezésére a családtagok körében. Az RFLP-t gyakran használják a genomleképezésben, a bűnözők azonosításában a kriminalisztikában, az apasági tesztekben stb. Az RFLP-nek is számos korlátozása van. Az RFLP megköveteli a szekvenciaadatok előzetes ismereteit a hibridizációs próbák tervezéséhez. Ezenkívül elegendő mennyiségű DNS-t kell elkülöníteni a mintából az elemzéshez, ami a kriminalisztikai vizsgálatok során nehéz.

01. ábra: RRFLP leképezés

Mi a különbség az AFLP és az RFLP között??

ALFP vs RFLP
Az AFLP magában foglalja az emésztett DNS szelektív PCR amplifikációját.	Az RFLP csak akkor jár, ha PCR-RFLP.
Szekvencia ismeretek
A szekvencia előzetes ismerete nem szükséges.	A tervezett RFLP szonda előzetes ismerete szükséges.
Megbízhatóság
Ez megbízhatóbb.	Ez kevésbé megbízható az AFLP-hez képest.
Hatékonyság a polimorfizmus kimutatásában
Ennek nagyobb hatékonysága van a polimorfizmus kimutatásában, mint az RFLP.	Ez kevésbé hatékony az AFLP-hez képest.
Költség
Ez egy kicsit drága az RFLP-hez képest.	Ez olcsóbb az AFLP-hez képest.
Alkalmazások
Az AFLP-ket alkalmazták a genomtérképezésre, a DNS-ujjlenyomatokra, a genetikai sokféleség vizsgálatára, az apasági tesztekre és a kriminalisztikára.	Az RFLP elemzés fontos eszköz a genom leképezésében, a gének genetikai rendellenességek lokalizálásában, a betegség kockázatának meghatározásában és az apasági tesztekben..

Összegzés - AFLP vs RFLP

Az AFLP és az RFLP két módszer, amelyeket genetikai markerekként használnak a molekuláris biológia diverzitásának és genetikai kapcsolatának értékelésére. Az AFLP hatékony és érzékeny módszer az organizmusok közötti genetikai polimorfizmus kimutatására, mint az RFLP. Annak ellenére, hogy mindkét módszer eltérő hatékonyságú a genetikai variációk kimutatásában, ezeket továbbra is használják a DNS ujjlenyomat-felvételéhez és a betegség diagnosztizálásához.

Referencia:
„1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. és Anete P. De Souza. "A RAPD, RFLP, AFLP és SSR markerek összehasonlítása a trópusi kukorica beltenyésztett vonalak diverzitási tanulmányaival." Genetika és molekuláris biológia. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Web. 2017. március 19
2. „Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP).” Országos Biotechnológiai Információs Központ. Az Egyesült Államok Nemzeti Orvostudományi Könyvtára, n.d. Web. 2017. március 19
3. Masiga D. K. és Turner C. M. (2004). „Erősített (restrikciós) fragmens hosszúságú polimorfizmus (AFLP) elemzés”. Methods Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Web. 2017. március 19

Kép jóvoltából:
1. Barbarossa „ALFP” a holland Wikipedia-ban - átvitték az nl.wikipedia-ból a Commons-ba. (Public Domain) a Commons Wikimedia-on keresztül
2. „RFLP leképezés” Retama által - Saját munka (GFDL) a Commons Wikimedia segítségével