Az RT PCR és a QPCR közötti különbség

Fő különbség - RT PCR vs QPCR
 

A polimeráz láncreakció egy módszer, amelyet a DNS egy meghatározott régiójának amplifikálására használnak in vitro. Mivel ezt a technikát Kary Mullis 1983-ban kitalálta, a tudósok képesek kutatási célokra ezer-millió másolatot készíteni a specifikus DNS-fragmentumokról. Jelenleg a klinikai és kutatólaboratóriumokban szokásos és rutinszerűen alkalmazott technikává vált széles körű alkalmazásokhoz. Vannak olyan hagyományos PCR technikák variációi, mint az RT PCR, a beágyazott PCR, a multiplex PCR, a Q PCR, az RT - QPCR stb. Az RT PCR és a Q PCR a PCR két fontos variációja. Az RT PCR és a Q PCR közötti fő különbség az Az RT PCR-t a gén expressziójának kimutatására használjákkomplementer DNS (cDNS) transzkripciók az RNS-ből míg A Q PCR-t használják a PCR-termékek valós idejű kvantitatív mérésére fluoreszcens festékek felhasználásával.

TARTALOMJEGYZÉK
1. Áttekintés és a legfontosabb különbség
2. Mi az RT PCR?
3. Mi a QPCR?
4. Side by side összehasonlítás - RT PCR vs QPCR
5. Összegzés

Mi az RT PCR??

A reverz transzkripciós polimeráz láncreakció (RT PCR) a PCR egyik változata, amelyet az RNS expressziójának kimutatására használnak. Nagyon fontos módszer az mRNS expressziójának kimutatására a szövetekben. RT PCR-t alkalmazunk, ha a minta kiindulási anyaga RNS. Az RT PCR-ben az mRNS templátot először komplementer DNS-é alakítják. Ezt a lépést a reverz transzkriptáz enzim katalizálja, és az eljárást reverz transzkripciónak nevezzük. Másodszor, a hagyományos PCR-t alkalmazzák az újonnan szintetizált cDNS-re az amplifikációhoz.

Az RT PCR egy nagyon érzékeny módszer, amely viszonylag kis mennyiségű RNS mintát igényel. Az RT PCR-t gyakran használják az RNS-fajok, különösen az RNS-vírusok, például az emberi immundeficiencia vírus és a hepatitis C vírus diagnosztizálására és mennyiségének meghatározására..

01. ábra: RT PCR technika

Mi a QPCR??

A kvantitatív PCR (QPCR) a PCR egy változata, amelyet a PCR termékek kvantitatív mérésére használnak. Valós idejű polimeráz láncreakciónak is nevezik, mivel a valós idejű amplifikációt méri valós idejű PCR-készülékkel. Ez egy megfelelő módszer a mintában lévő célszekvencia vagy gén mennyiségének meghatározására. A QPCR érdekes tulajdonsága, hogy egyetlen lépésben ötvözi mind az amplifikációt, mind az igaz mennyiségi meghatározást. Ezért a gél elektroforézis szükségességét a kimutatásban kiküszöbölhetjük a QPCR technikával. A QPCR fluoreszcens festékeket használ a PCR termékek jelölésére a PCR reakciók során, amelyek végül közvetlen mennyiségi meghatározáshoz vezetnek. Amikor a PCR termékek felhalmozódnak, a fluoreszcens jelek szintén felhalmozódnak, és a valós idejű gép fogja mérni. A QPCR kombinálható RT PCR-rel. RT-QPCR vagy QRT-PCR néven ismert, és a leghatékonyabb, legérzékenyebb és kvantitatív módszernek tekintik a sejtekben vagy szövetekben az RNS szintek kimutatását..

Az SYBR Green és a Taqman két módszer a valós idejű PCR amplifikációs folyamatának detektálására vagy megfigyelésére. Az SYBR Green módszert SYBR zöldnek nevezett fluoreszcens festék alkalmazásával hajtjuk végre, és az amplifikációt úgy érzékeli, hogy a festéket kettős szálú DNS előállításához köti. A Taqman-t kettős címkével ellátott próbákkal hajtják végre, és a szonda Taq-polimerázzal történő lebontásával és a fluorofór felszabadulásával detektálják az amplifikációt, a 02. ábra szerint. Mindkét módszer figyeli az amplifikációs folyamat előrehaladását, és valós időben jeleníti meg a termék mennyiségét..

A valós idejű PCR széles körű alkalmazásokat kínál, mint például a génexpressziós mennyiségi meghatározás, a mikroRNS és a nem kódoló RNS elemzés, az SNP genotipizálása, a példányszám-variánsok kimutatása, a ritka mutációk kimutatása, a genetikailag módosított szervezetek kimutatása, a fertőző ágensek kimutatása stb..

02 ábra: mennyiségi PCR technika

Mi a különbség az RT PCR és a QPCR között??

RT PCR vs QPCR
Az RT PCR egy olyan módszer, amellyel kimutatható a gén expressziója amplifikációval.	A QPCR olyan technika, amely felerősíti a DNS-t, és valós időben meghatározza a PCR-termékeket.
A fordított transzkriptáz enzim bevonása
Enzim reverz transzkriptázt használunk az RT PCR-hez.	Enzim reverz transzkriptázt nem használnak a QPCR-hez.
Fluoreszcensen címkézett molekulák használata
A fluoreszcensen jelölt festékeket vagy szondákat nem használják az RT PCR-hez.	A QPCR-hez fluoreszcensen jelölt festékeket vagy szondákat használnak.
A PCR termék mennyiségi meghatározása
Hacsak nem kapcsolódik QPCR-hez, az RT PCR nem számszerűsíti a PCR-terméket.	A QPCR a PCR-terméket kvantitatív módon méri.
Kiindulási anyag
A kiindulási anyag az mRNS.	A kiindulási anyag a DNS.
CDNS szintézise
Az RT PCR során komplementer DNS-t állítanak elő.	A QPCR során nem képződik kiegészítő DNS.

Összegzés - RT PCR vs QPCR

Az RT PCR és a QPCR a hagyományos PCR két változata. Az mRNS-mintákon RT PCR-technikát végeznek, és ezt fordított transzkripcióval és cDNS-termeléssel hajtják végre. A QPCR-t használják a PCR-termékek mennyiségi meghatározására a valós idejű PCR-termikus ciklusok során fluoreszcens festékek vagy jelölt próbák felhasználásával. A QPCR esetében a PCR termék mennyiségét a minta által kibocsátott fluoreszcens jelek képviselik. Az RT PCR-t népszerûen alkalmazzák amplifikációs folyamatként, míg a QPCR-t általában kvantitatív meghatározási eljárásként használják. Ez a különbség az RT PCR és a QPCR között.

Irodalom:
1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo és GK Agrawal. "Valós idejű PCR: Forradalmasító detektálás és gének expressziós elemzése." Jelenlegi genomika. Bentham Science Publishers Ltd., 2007. június. Web. 2017. április 03
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh és Jo Vandesompele. "Az FFPE minták egyértelmű és érzékeny RT-qPCR alapú génexpressziós elemzése." Természet Hírek. Nature Publishing Group, 2016. február 22. Web. 2017. április 03
3. Overbergh, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon és C. Mathieu. "Valós idejű fordított transzkriptáz PCR felhasználása a citokin gén expressziójának mennyiségi meghatározására." A Biomolekuláris Technikák Újsága: JBT. A Biomolekuláris Erőforrás Szolgáltatások Szövetsége, 2003. március. Web. 2017. április 03

Kép jóvoltából:
1. Felhasználó „Taqman”: Braindamaged - az eredeti feltöltő (Public Domain) saját munkája a Commons Wikimedia segítségével
2. „Fordított transzkripciós polimeráz láncreakció” Jpark623-tól - Saját munka (CC BY-SA 3.0) a Commons Wikimedia segítségével